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Wird die Sanger-Sequenzierung noch in Laboren verwendet und ist es daher wert, erlernt zu werden?

Wird die Sanger-Sequenzierung noch in Laboren verwendet und ist es daher wert, erlernt zu werden?



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Wenn ich Zugang zu Forschungsgeldern hätte, wäre es dann ein Segen für mich, diese Technik zu erlernen? Oder sind Next-Gen-Sequenzierungsmethoden jetzt in aller Munde? Mein Wissen über beides ist begrenzt.


Die Sanger-Sequenzierung wird auch heute noch in den Laboren eingesetzt – und das nicht nur nebenbei. Next Generation Sequencing hat seine Stärke, wenn es um die Sequenzierung sehr großer DNA-Mengen (im Grunde ganze Genome oder Exome) geht.

Die Sanger-Sequenzierung wird verwendet, wenn Sie kleinere Regionen oder Teile eines Genoms/Plasmids sequenzieren möchten. Die typische Leselänge beträgt (je nach Maschine und Fähigkeiten des Bedieners) 600-900bp. Dies reicht aus, um die ortsgerichtete Mutagenese, das Vorhandensein von klonierten Inserts sowie deren Richtigkeit zu überprüfen (wenn das Insert länger ist, verschachteln Sie normalerweise die Einzelsequenzreaktionen, um die gesamte Sequenz abzudecken) oder nach einem Polymorphismus zu suchen. Es gibt endlose Möglichkeiten.

Außerdem ist es relativ günstig, einzelne Samples zu sequenzieren (was auf den Next-Gen-Maschinen nicht wirklich funktioniert), ein Sample kostet zwischen 8 und 10 $ (zumindest das letzte Mal, als ich das verschickt habe). Und Sie müssen es nicht einmal selbst tun, da es viele Dienstleister gibt. Auch die Technik selbst ist nicht schwer zu erlernen.


Nein, es ist nicht abhängig von der Skala, an der Sie arbeiten

Die Didesoxy-Terminationsmethode der DNA-Sequenzierung (oft als Sanger-Sequenzierung nach dem Erfinder der Technik Fred Sanger bezeichnet) war in den letzten 30 Jahren das Arbeitspferd so ziemlich jedes Molekularbiologielabors. In den letzten Jahren wurde die Methode jedoch zunehmend durch sogenannte Next-Generation-Sequencing-Technologien verdrängt, die eine unglaublich schnelle Generierung großer Mengen an Sequenzdaten ermöglichen.

Die Sanger-Sequenzierung wird immer noch häufig für kleine Experimente und zum „Finishing“ von Regionen verwendet, die von Next-Gen-Plattformen nicht einfach sequenziert werden können (z.

Der Artikel befasst sich auch mit Fragen zur Leselänge und zu den Kosten zwischen NGS und Sanger.

Für die Sanger-Sequenzierung sind diese Reads routinemäßig 800-1000 Basenpaare lang; Next-Gen-Methoden produzieren viel größere Sequenzmengen, aber in Form von viel kleineren Reads (die beiden leistungsstärksten Plattformen generieren 35-75 Basenpaar-Reads, während eine dritte Plattform mit geringerem Durchsatz 400 Basenpaare verwalten kann). Die Leselänge ist absolut entscheidend, wenn es darum geht, eine genaue Sequenz zusammenzustellen, insbesondere bei Genomen, die so komplex und repetitiv sind wie das menschliche Genom. Wenn eine sich wiederholende Region viel länger ist als die Leselänge einer Plattform, kann sie nicht wirklich genau zusammengebaut werden – also bestehen menschliche Genome, die mit aktuellen Plattformen der nächsten Generation sequenziert wurden, tatsächlich aus Hunderttausenden von genau sequenzierten Fragmenten, die von Lücken durchsetzt sind…

Entnommen aus: http://www.wired.com/2009/01/sanger-sequencing-is-not-dead/


Schau das Video: Klassische DNA-Sequenzierung nach Sanger (August 2022).