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Ist die Veröffentlichung ein wichtiges Kriterium, um einen Postdoc in mikrobieller Ökologie zu bekommen?

Ist die Veröffentlichung ein wichtiges Kriterium, um einen Postdoc in mikrobieller Ökologie zu bekommen?



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Ich bin Forscherin in mikrobieller Ökologie und suche derzeit nach Postdocs in europäischen Ländern. Ich habe eine Veröffentlichung mit weniger als 1 Auswirkungsfaktor. Beeinträchtigt dies meine Chancen, ausgewählt zu werden? Bitte vorschlagen?


Ich stimme zu, dass dies nicht die beste Community für diese Frage ist, da es nicht wirklich um Biologie geht. Aber um eine kurze Antwort zu geben:

  • Publikationen in hochrangigen Zeitschriften erhöhen sicherlich Ihre Chancen auf eine Postdoc-Stelle.
  • Es hängt auch von der allgemeinen Veröffentlichungsrate in Ihrem Fachgebiet ab: In einigen Fachgebieten sind einige Veröffentlichungen nach der Promotion üblich, während in anderen die erste Veröffentlichung in den Druckjahren nach Ihrem Abschluss erscheinen kann (ohne die Dissertation).
  • Andererseits zeugt eine Veröffentlichung in einem Top-Journal nicht unbedingt von den eigenen Fähigkeiten – z.B. wenn man einer von einigen Dutzend Autoren ist.
  • Networking und persönliche Empfehlungen sind bei der Stellensuche oft genauso wichtig wie Publikationen.

Postdoc-Stellenangebote

Im Labor von Dr. Maho Niwa in der Sektion für Molekularbiologie der University of California San Diego sind zwei voll finanzierte Postdoktorandenstellen zu vergeben. Das Projekt interessiert sich dafür, wie eukaryotische Zellen mit nicht-genomischem Stress umgehen: (1) Genauer gesagt, wie das Endoplasmatische Retikulum (ER) auf zellulären Stress wie erhöhten Bedarf an sekretorischer Protein- oder Lipidproduktion aufgrund von Umwelteinflüssen, Verletzungen oder Krankheiten reagiert. Dieses Projekt konzentriert sich auf den mehrdimensionalen Signalweg der Unfolded Protein Response (UPR) in normalen und Krankheitszuständen. (2) Unabhängig davon haben wir den ersten Zellzyklus-Checkpoint entdeckt, der das ER überwacht, der als ER Surveillance Checkpoint (ERSU) bezeichnet wird, und konzentrieren uns darauf, ihn zu verstehen. Der ERSU-Checkpoint sorgt dafür, dass sich Größe und Funktionsfähigkeit des ER erweitern, um der Herausforderung gerecht zu werden, zwei sich teilende Zellen während des Zellzyklus zu versorgen. Wir haben beispielsweise gezeigt, dass die Stressaktivierung dieses Zellzyklus-Checkpoints (der unabhängig von der UPR ist) die Zytokinese stoppt, indem sie den Septinkomplex, der zur physischen Trennung von Mutter- und Tochterzellen in der S. cerevisiae-Mitose benötigt wird, negativ reguliert. Wir untersuchen, wie ER-Stress diese Fortschreitungsmaschinerie des Zellzyklus unterbricht, indem wir molekulare und zelluläre Ansätze sowohl in Hefe- als auch in Säugetiermodellen verwenden. (3) Wir untersuchen die interorganellare Kommunikation zwischen dem ER und dem Zellkern in einem neuen Projekt, das durch einen Allen Distinguished Investigator Grant finanziert wird, das darauf abzielt, die architektonische und funktionelle Koordination zwischen diesen lebenswichtigen Organellen und deren Veränderung unter Stress zu verstehen. Dies ist in Säugerzellen von entscheidender Bedeutung, da das ER und die Kernmembranen an mehreren Kontaktpunkten aneinandergrenzen und zu Beginn der Mitose die Kernhülle (NE) zusammenbricht und alle integralen Kernmembranproteine ​​in das ER wandern. Später, wenn sich die Kernmembranen am Ende der Mitose neu bilden, müssen die integralen Kernmembranproteine ​​bevorzugt aus dem ER gewonnen werden. Insgesamt ist das Versagen des ER, eine oder mehrere der oben beschriebenen Herausforderungen zu meistern, eine zugrunde liegende Ursache für viele menschliche Krankheiten, einschließlich Krebs und neurodegenerativer Erkrankungen. Daher verwenden wir auch normale und Krankheitsmodelle, um zu analysieren, wie das Versagen des ERs, die erforderlichen Änderungen als Reaktion auf verschiedene Stressoren vorzunehmen, zu einer menschlichen Krankheit führt.

Bewerber:

  • Bewerber sollten einen Ph.D. Studium der Molekularbiologie oder einer verwandten Fachrichtung.
  • Bewerber sollten die folgenden Informationen an [email protected] senden
    • Lebenslauf
    • Anschreiben, das zusammenfasst, wie Ihr Fachwissen und Ihre Interessen zu den Laborprojekten passen
    • Kontaktdaten von 3 professionellen Referenzen

    Für weitere Informationen besuchen Sie bitte die Niwa Lab Website


    Wissenschaftlicher Mitarbeiter für Pflanzenmikrobiomökologie

    Die Michigan State University (MSU) ist eine der führenden Institutionen für Pflanzenwissenschaften und mikrobielle Ökologieforschung. Eine Stelle für einen wissenschaftlichen Mitarbeiter (Postdoc) ist beim Great Lakes Bioenergy Research Center (GLBRC) ausgeschrieben. Der erfolgreiche Antragsteller wird sich einem kollaborativen Team anschließen, um Forschungen durchzuführen, um die Rolle des Switchgrass-Mikrobioms für die Pflanzenproduktivität auf marginalen Flächen zu verstehen. Gregory Bonito (Pflanzen-, Boden- und Mikrobiologie), Sarah Evans (Integrative Biologie) und Ashley Shade (Mikrobiologie und Molekulargenetik) werden gemeinsam den erfolgreichen Antragsteller beraten, der eine zentrale Rolle bei der Projektkoordination zwischen diesen drei Labors spielen wird, und arbeiten aus dem Bonito-Labor.

    Switchgrass ist eine zellulosehaltige Bioenergiepflanze, die auf nicht ackerbaufähigem (Rand-)Land auf ihre Leistung getestet wird. Wir suchen einen exzellenten Postdoc, der Mikrobiomforschung betreibt, um die Triebkräfte und Konsequenzen von Rhizosphären-Gemeinschaften von Switchgrass zu verstehen und die Forschungsaktivitäten von Teams auf Pflanzen-, Pilz- und Bakterienbasis in allen Labors zu koordinieren. Die Stelle wird sich auf dem Hauptcampus der Michigan State University (MSU) (East Lansing) befinden, wird jedoch häufig reisen, um gemeinsame Projekte an der Kellogg Biological Station (Hickory Corners) der MSU durchzuführen und GLBRC-Mikrobiomergebnisse bei Meetings zu präsentieren.

    Anforderungen:

    Der erfolgreiche Bewerber ist unabhängig, motiviert und hat einen Doktortitel in Pflanzen-, Boden-, Mikrobenwissenschaften, Ökologie, Bioinformatik/Genomik oder einem ähnlichen Gebiet. Erfahrung in der Durchführung von Feld- und/oder Gewächshausarbeiten mit pflanzen- oder bodenassoziierten Mikrobiomen ist erforderlich. Starke Nasslabor-Kenntnisse zur Erzeugung hochwertiger RNA und DNA aus Pflanzen- und Mikrobengeweben sowie quantitative Kenntnisse in Bioinformatik und Statistik werden erwartet. Der erfolgreiche Kandidat verfügt über Kenntnisse in Mikrobiologie und molekularen Labortechniken sowie über starke Schreibfähigkeiten. Ausgezeichnete Organisations- und Kommunikationsfähigkeiten werden erwartet. Erfahrungen in der Verwaltung, Analyse und Koordination der Zusammenarbeit mit großen, projektübergreifenden Datensätzen werden ebenso positiv bewertet wie Kenntnisse in Data Science und Erfahrung mit Hochleistungsrechenressourcen.

    Das Great Lakes Bioenergy Center besteht aus einem interdisziplinären Forscherteam mit dem Ziel, das Wissen und die technologischen Fortschritte zu erzielen, die für den Aufbau einer nachhaltigen Lignocellulose-Bioindustrie erforderlich sind. Das Zentrum befasst sich mit einer Reihe miteinander verbundener Wissenslücken, die derzeit die Produktion von Bioenergiepflanzen, speziellen Biokraftstoffen und Bioprodukten im industriellen Maßstab einschränken, sowie Wissen zur Entwicklung einer neuen Generation nachhaltiger lignozellulosehaltiger Bioraffinerien.


    Langfristige Transkriptionsaktivität bei Nullwachstum eines kosmopolitischen seltenen Biosphärenmitglieds

    Die mikrobielle Diversität in der Umwelt verbirgt sich hauptsächlich in der seltenen Biosphäre (alle Arten mit <0,1% relativer Häufigkeit). Während die Ruhephase einen Zustand mit geringer Häufigkeit sehr gut erklärt, bleiben die Mechanismen, die zu seltenen, aber aktiven Mikroorganismen führen, schwer fassbar. Wir haben die Umweltsystembiologie verwendet, um genomisch und transkriptionell zu charakterisieren "Kandidat Desulfosporosinus infrequens", ein sulfatreduzierender Mikroorganismus mit geringer Häufigkeit, der in Süßwasser-Feuchtgebieten kosmopolitisch ist, wo er zum kryptischen Schwefelkreislauf beiträgt. Wir haben sein nahezu vollständiges Genom durch Metagenomik von saurem Torfboden erhalten vor Ort-ähnliche Bedingungen für 50 Tage von Desulfosporosinus-gezielte qPCR und Metatranskriptomik. Die Desulfosporosinus Population blieb unter allen Inkubationsbedingungen auf einer konstant niedrigen Abundanz, durchschnittlich 1,2 × 10 6 16S rRNA-Genkopien pro cm³ Boden. Im Gegensatz dazu ist die Transkriptionsaktivität von "Ca. Desulfosporosinus infrequens" stieg an Tag 36 um das 56- bis 188-fache an, wenn geringfügige Änderungen von Acetat, Propionat, Lactat oder Butyrat mit Sulfat im Vergleich zur substratlosen Kontrolle versehen wurden. Die gesamte Transkriptionsaktivität wurde durch die Expression von Genen getrieben, die ribosomale Proteine, Energiestoffwechsel und Stressreaktion, aber nicht durch Expression von Genen, die zellwachstumsassoziierte Prozesse kodieren.Da unsere Ergebnisse das Wachstum dieser hochaktiven Mikroorganismen im Hinblick auf Biomassezunahme oder Zellteilung nicht unterstützten, mussten sie ihre alleinige Energie investieren zur Erhaltung, wahrscheinlich als Ausgleich für saure pH-Bedingungen Dieser Befund erklärt, wie ein seltenes Biosphärenmitglied zu einem biogeochemisch relevanten Prozess beitragen kann, während es über einen Zeitraum von 50 Tagen in einem Null-Wachstums-Zustand bleibt.BEDEUTUNG Die mikrobielle seltene Biosphäre stellt den größten Biodiversitätspool der Erde dar und macht in der Summe aller ihrer Mitglieder einen erheblichen Teil der Biomasse eines Habitats aus. Ruhezustand oder Hunger werden typischerweise verwendet, um die Persistenz von Mikroorganismen in geringer Häufigkeit in der Umwelt zu erklären. Wir zeigen, dass ein Mikroorganismus mit geringer Häufigkeit hoch transkriptionell aktiv sein kann, während er für mindestens 7 Wochen in einem Zustand ohne Wachstum bleibt. Unsere Ergebnisse belegen, dass dieses Nullwachstum bei einem hohen zellulären Aktivitätszustand durch Wartungsanforderungen angetrieben wird. Wir zeigen, dass dies für eine mikrobielle Schlüsselart gilt, insbesondere für einen kosmopolitischen, aber dauerhaft sulfatreduzierenden Mikroorganismus in Feuchtgebieten, der am Ausgleich der Treibhausgasemissionen beteiligt ist. Zusammenfassend stellen unsere Ergebnisse einen wichtigen Schritt zum Verständnis der zeitaufgelösten Aktivitäten seltener Biosphärenmitglieder dar, die für Ökosystemfunktionen relevant sind.

    Schlüsselwörter: kryptischer Schwefelzyklus Wachstumshemmung Keystone Artenerhalt Metatranskriptom Moore.

    Copyright © 2019 Hausmann et al.

    Figuren

    Stoffwechselmodell von Desulfosporosinus sp.…

    Stoffwechselmodell von Desulfosporosinus sp. MAG SbF1. Genexpression durch spezifische Substrate stimuliert…

    (a) Zeitaufgelöste absolute Häufigkeit von…

    (a) Zeitaufgelöste absolute Häufigkeit von Desulfosporosinus Bevölkerung (schwarze Kreise) im Vergleich zu allen…

    Zeitaufgelöste Transkriptionsänderungen ausgewählter…

    Zeitaufgelöste Transkriptionsänderungen ausgewählter Gene, die den Sulfatreduktionsweg repräsentieren ( saß…

    Transkriptionsmuster ganzer Pfade…

    Transkriptionsmuster ganzer Stoffwechselwege und zentraler Enzymkomplexe, die an der Kohlenstoff-…


    Information

    Es handelt sich um eine befristete Vollzeitstelle für zwei Jahre. Bei einer Tätigkeit als Postdoc besteht die Möglichkeit einer einjährigen Verlängerung als wissenschaftlicher Mitarbeiter. An der Universität Örebro hängt das Gehalt von den Qualifikationen und Erfahrungen des erfolgreichen Kandidaten ab.

    Für weitere Informationen zur Stelle wenden Sie sich bitte an Professor Alf Ekblad +46 19 30 35 28, E-Mail: [email protected] oder den Leiter der Abteilung Naturwissenschaften Mattias Bäckström, E-Mail: mattias.backstrom @oru.se

    An der Universität Örebro erwarten wir von allen Mitarbeitern, dass sie offen für Entwicklung und Veränderung sind, Verantwortung für ihre Arbeit und Leistung übernehmen, ein großes Interesse an der Zusammenarbeit zeigen und zur Entwicklung beitragen sowie anderen Respekt entgegenbringen, indem sie einen konstruktiven und professionellen Ansatz verfolgen.

    Die Universität Örebro setzt sich aktiv für Chancengleichheit und Geschlechtergerechtigkeit sowie ein Arbeitsumfeld ein, das von Offenheit, Vertrauen und Respekt geprägt ist. Wir schätzen die Qualitäten, die Diversität zu unseren Geschäftstätigkeiten hinzufügt.


    Postdoc-Forschungsstipendien in Biologie (PRFB)

    Vollständige Angebotsfrist(en) (Fällig bis 17:00 Uhr Ortszeit des Einsenders):

    WICHTIGE INFORMATIONEN UND ÜBERARBEITUNGSHINWEISE

    Der bisherige Wettbewerbsbereich 2, Interdisziplinäre Forschung mit biologischen Sammlungen, wurde eingestellt. Forschung mit biologischen Sammlungen kann jedoch nach Bedarf in jedem anderen Wettbewerbsbereich vorgeschlagen werden.

    Forschung zur Untersuchung der Lebensregeln, die die Wechselwirkungen zwischen Genomen, Umwelt und Phänotypen bestimmen, ehemals Wettbewerbsbereich 4, ist in dieser Ausschreibung Wettbewerbsbereich 2.

    Die Competitive Area 3 hat ihren Namen geändert und heißt nun Plant Genome Postdoctoral Research Fellowships-Programm. Das bisherige Überprüfungskriterium für den Wettbewerbsbereich 3, das sich auf die Ziele der National Plant Genome Initiative konzentrierte, wurde entfernt.

    Die Additional Solicitation Specific Review Criteria hat sich dahingehend geändert, dass der Competitive Area 1 teilweise auf der Grundlage einer expliziten Erhöhung der Diversität auf Postdoc-Ebene bewertet wird. Alle Wettbewerbsbereiche werden teilweise auf der Grundlage von Plänen zur Erhöhung der Vielfalt auf allen Ebenen der MINT-Ausbildung und -Ausbildung bewertet.

    Das Zulassungskriterium wurde dahingehend überarbeitet, dass Bewerberinnen und Bewerber für dieses Stipendium nicht in Frage kommen, wenn sie vor Ablauf der Bewerbungsfrist für alle Wettbewerbsbereiche insgesamt mehr als 12 Vollzeitmonate in einer Position gearbeitet haben, die die Promotion erfordert.

    Alle Vorschläge, die als Reaktion auf diese Aufforderung eingereicht werden, sollten gemäß der überarbeiteten NSF-Vorschlags- und Vergaberichtlinien und Leitfaden für Verfahren (PAPPG) (NSF 20-1), die für Vorschläge gilt, die am oder nach dem 1. Juni 2020 eingereicht werden oder fällig sind.

    ZUSAMMENFASSUNG DER PROGRAMMANFORDERUNGEN

    Allgemeine Informationen

    Programmtitel:

    Postdoc-Forschungsstipendien in Biologie (PRFB)

    Programmübersicht:

    Die Direktion für Biowissenschaften (BIO) vergibt Postdoctoral Research Fellowships in Biology (PRFB) an junge Promovierte für Forschung und Ausbildung in ausgewählt von BIO geförderten Bereichen und mit besonderen Zielen für die Personalentwicklung in der Biologie. Für Bewerbungen im Rahmen dieser Ausschreibung sind diese Bereiche (1) Ausweitung der Beteiligung von Gruppen, die in der Biologie unterrepräsentiert sind, (2) Integrative Research Investigation dasRegeln des Lebens, die die Interaktionen zwischen Genomen, Umwelt und Phänotypen bestimmen, und (3) Pflanzengenom-Postdoktoranden-Forschungsstipendien.

    Die Stipendien fördern die Selbstständigkeit in einem frühen Stadium der wissenschaftlichen Laufbahn, damit die Fellows ihre Forschungs- und Ausbildungsziele an den am besten geeigneten Forschungsstandorten in Zusammenarbeit mit fördernden Wissenschaftlern verfolgen können. Es wird erwartet, dass die fördernden Wissenschaftler die Fellows aktiv betreuen und von der Zusammenarbeit mit diesen talentierten Nachwuchswissenschaftlern und deren Einbindung in ihre Forschungsgruppen profitieren. Der Forschungs- und Ausbildungsplan jedes Stipendiums muss wichtige wissenschaftliche Fragen im Rahmen der BIO und die spezifischen Richtlinien dieser Stipendienprogramm-Bewerbung aufgreifen. Da die Stipendien Postdoktorandinnen und Postdoktoranden nur zu Beginn ihrer Karriere angeboten werden, ermutigt die NSF Doktorandinnen und Doktoranden, die Verfügbarkeit dieser Postdoktorandenstipendien frühzeitig mit ihren Doktorandinnen und Doktoranden und potenziellen Postdoktorandenförderern zu besprechen, um diese Fördermöglichkeit zu nutzen. Fellowships sind Auszeichnungen an Einzelpersonen, nicht an Institutionen, und werden von den Fellows verwaltet.

    Cognizant-Programmbeauftragter:

    Bitte beachten Sie, dass die folgenden Informationen zum Zeitpunkt der Veröffentlichung aktuell sind. Aktuelle Informationen zu den Kontaktpunkten finden Sie auf der Programm-Website.

    Daniel R. Marenda (Gebiete 1 & 2), Telefon: (703) 292-2157, E-Mail: [email protected]

    John Barthell (Gebiete 1 & 2), Telefon: (703) 292-2618, E-Mail: [email protected]

    Diane J. Okamuro (Gebiet 3), Telefon: (703) 292-8420, E-Mail: [email protected]

    Preisinformationen

    Voraussichtliche Art der Auszeichnung: Gemeinschaft

    Geschätzte Anzahl der Auszeichnungen: 65

    Stipendien pro Jahr Die Anzahl der Auszeichnungen in jedem Wettbewerbsbereich hängt von der Verfügbarkeit der Mittel ab.

    Voraussichtlicher Förderbetrag: 10.000.000 bis 12.000.000 $

    Ungefähr 7-9 Millionen US-Dollar für die Wettbewerbsbereiche 1 und 2 und bis zu 3 Millionen US-Dollar für den Wettbewerbsbereich 3 aus dem Pflanzengenom-Forschungsprogramm der Abteilung für integrative organische Systeme (IOS). Die Finanzierung ist abhängig von der Verfügbarkeit der Mittel.

    Informationen zur Teilnahmeberechtigung

    Wer kann Vorschläge einreichen:

    • Nicht verbundene Personen: Wissenschaftler, Ingenieure oder Pädagogen in den USA, die US-Bürger oder ständige Einwohner der USA sind.

      Bewerben können sich nur Einzelpersonen. NSF-Postdoc-Stipendien werden an Einzelpersonen vergeben und Anträge werden direkt von den Antragstellern bei der NSF eingereicht. Die Anträge müssen jedoch Aussagen von Sponsoring Scientists enthalten und die Antragsteller müssen einer geeigneten US-amerikanischen oder internationalen Gastinstitution angehören, z.B., Hochschulen und Universitäten sowie privat finanzierte gemeinnützige Institute und Museen, Regierungsbehörden und Labors sowie unter besonderen Bedingungen gewinnorientierte Organisationen.

    Wer darf als PI dienen:

    • ein US-Bürger (oder Staatsbürger) oder ein ständiger Wohnsitz in den USA sein, d.h., bei der Bewerbung eine "Green Card" haben
    • einen Forschungsplan vorlegen, der in den Zuständigkeitsbereich von BIO und den Schwerpunkt für jeden der ausgewählten Bereiche fällt, wie in dieser Ausschreibung beschrieben
    • den Doktorgrad in einem geeigneten Fachgebiet vor Antritt des Stipendiums erwerben
    • Wählen Sie fördernde Wissenschaftler, Abteilungen und Institutionen aus, die eine bedeutende Möglichkeit bieten, Ihren Forschungsschwerpunkt und Ihre Ausbildung zu erweitern und
    • nicht dieselbe Forschung bei einem anderen NSF-Postdoc-Stipendienprogramm eingereicht haben.

    Begrenzung der Anzahl der Vorschläge pro Organisation:

    Begrenzung der Anzahl der Vorschläge pro PI oder Co-PI: 1

    Bewerberinnen und Bewerber können pro Geschäftsjahr nur einen Stipendienantrag bei der BIO einreichen und dürfen sich in höchstens 2 aufeinander folgenden Jahren für alle Postdoctoral Fellowships in Biology bewerben.

    Anleitung zur Angebotserstellung und Einreichung

    A. Anweisungen zur Angebotserstellung

    • Absichtserklärungen: Nicht benötigt
    • Vorläufige Angebotsabgabe: Nicht benötigt

    Vollständige Anweisungen zur Angebotserstellung: Diese Aufforderung enthält vom Standard abweichende Informationen Leitfaden für NSF-Vorschlags- und Vergaberichtlinien und -verfahren (PAPPG) Richtlinien zur Vorschlagserstellung. Weitere Informationen entnehmen Sie bitte dem Volltext dieser Aufforderung.

    B. Haushaltsinformationen

    Anforderungen an die Kostenteilung:

    Die Aufnahme einer freiwillig zugesagten Kostenbeteiligung ist untersagt.

    Einschränkungen bei indirekten Kosten (F&A):

    Andere Haushaltsbeschränkungen:

    Es gelten andere Haushaltsbeschränkungen. Weitere Informationen entnehmen Sie bitte dem Volltext dieser Aufforderung.

    C. Fälligkeitsdaten

    Vollständige Angebotsfrist(en) (Fällig bis 17:00 Uhr Ortszeit des Einsenders):

    Informationskriterien für die Angebotsprüfung

    Kriterien für die Verdienstüberprüfung:

    Vom National Science Board genehmigte Kriterien. Es gelten zusätzliche Bewertungskriterien. Weitere Informationen entnehmen Sie bitte dem Volltext dieser Aufforderung.

    Informationen zur Auszeichnungsverwaltung

    Prämienbedingungen:

    Es gelten zusätzliche Vergabebedingungen. Weitere Informationen entnehmen Sie bitte dem Volltext dieser Aufforderung.

    Meldepflichten:

    Es gelten zusätzliche Meldepflichten. Weitere Informationen entnehmen Sie bitte dem Volltext dieser Aufforderung.

    INHALTSVERZEICHNIS

    I. EINLEITUNG

    Das BIO bietet Postdoctoral Research Fellowships in Biologie an, um Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern zu Beginn ihrer Karriere, die bereit sind, ihre Forschungsbemühungen selbstständig zu machen, die Möglichkeit zu geben, sich über die Graduiertenausbildung hinaus auf eine wissenschaftliche Karriere vorzubereiten, Forschungserfahrungen in Zusammenarbeit mit etablierten Wissenschaftlern zu sammeln, und ihren wissenschaftlichen Horizont zu erweitern. Stipendien sollen außerdem neuen Wissenschaftlern helfen, ihre Forschungsbemühungen über traditionelle disziplinäre Linien hinaus zu lenken und einzigartige Forschungsressourcen, Standorte und Einrichtungen, einschließlich internationaler Standorte, zu nutzen. Die Stipendiatinnen und Stipendiaten müssen mit geeigneten Forschungseinrichtungen verbunden sein und sollen sich während der Dauer des Stipendiums voll und ganz der Stipendientätigkeit widmen. Die Stipendien haben sowohl Forschungs- als auch Ausbildungsziele. BIO ist besonders daran interessiert, Personal zu unterstützen, das Veteranen der US-Streitkräfte ist in allen Wettbewerbsbereichen dieser Aufforderung als Teil der umfassenderen Bemühungen der NSF zur Förderung der Beteiligung von Veteranen an der MINT-Forschung und -Ausbildung.

    Derzeit bietet BIO Postdoctoral Research Fellowships in Biologie in den folgenden drei Bereichen an:

    Wettbewerbsbereich 1. Ausweitung der Beteiligung der Gruppen unterrepräsentiert in Biologie

    Diese Stipendien werden seit 1990 ursprünglich als NSF Minority Postdoctoral Research Fellowships angeboten, um die Beteiligung unterrepräsentierter Gruppen in der Biologie zu erhöhen. Mit diesem Competitive Area will BIO die Diversität der Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler explizit auf Postdoc-Ebene in der Biologie erhöhen. Das Programm unterstützt ein breites Spektrum biologischer Forschung und Ausbildung im gesamten Spektrum der Forschungsprogramme von BIO.

    Wettbewerbsbereich 2. Integrative Forschung zur Untersuchung der Lebensregeln, die die Wechselwirkungen zwischen Genomen, Umwelt und Phänotypen bestimmen

    Durch diesen Wettbewerbsbereich zielt BIO darauf ab, die kreative Integration verschiedener Teildisziplinen der Biologie durch Kombinationen von beobachtenden, experimentellen, theoretischen und rechnerischen Ansätzen zu fördern, um zugrunde liegende Prinzipien zu entdecken, die über hierarchische Ebenen des Lebens hinweg funktionieren, von Biomolekülen über Organismen bis hin zu Ökosystemen. Die Forschungsaktivitäten in diesem Wettbewerbsbereich sollen zu einem neuen Verständnis darüber führen, wie Strukturen und Funktionen höherer Ordnung biologischer Systeme aus den Wechselwirkungen heterogener biologischer Komponenten resultieren, wie sie von der Umwelt und evolutionären Prozessen geprägt sind, und die Vorhersagefähigkeit darüber fördern, wie wichtige Eigenschaften und Mechanismen des Lebens Systeme entstehen aus der Interaktion von Genomen, Umgebungen und Phänotypen.

    Wettbewerbsbereich 3. Pflanzengenom-Postdoc-Forschungsstipendien

    Dieser Wettbewerbsbereich ermöglicht es den Empfängern, ihre Studien auf Genomforschung an der Grenze der Pflanzenbiologie und von breiter gesellschaftlicher Bedeutung zu konzentrieren. Der Forschungs- und Ausbildungsplan jedes Stipendiums muss wichtige wissenschaftliche Fragen im Rahmen der Ziele des Pflanzengenomforschungsprogramms behandeln - Werkzeuge und Wissen zur Verfügung zu stellen, um hartnäckige, herausfordernde biologische Fragen zu lösen, die Landwirtschaft zu revolutionieren, grundlegende gesellschaftliche Fragen anzugehen, die Bioökonomie voranzutreiben und eine wissenschaftlich engagierte Bevölkerung aufzubauen. Das Programm hat ein breites Spektrum und unterstützt Studien zu Pflanzen im ganzen Königreich. Hochkompetitive Vorschläge werden interdisziplinäre Ausbildung und Forschung auf genomweiter Ebene beschreiben, um neue Einblicke in Pflanzenprozesse zu ermöglichen.

    II. PROGRAMM BESCHREIBUNG

    Fellowship-Wettbewerbsbereich 1: Ausweitung der Beteiligung von Gruppen, die in der Biologie unterrepräsentiert sind

    Durch diesen Wettbewerbsbereich möchte BIO die Vielfalt der Wissenschaftler explizit auf Postdoktorandenebene in Biologie erhöhen und damit zur zukünftigen Vitalität des wissenschaftlichen Unternehmens der Nation beitragen. Zu den Gruppen, die in der Biologie in den USA deutlich unterrepräsentiert sind, gehören Schwarze oder Afroamerikaner, Hispanoamerikaner, Latinos und amerikanische Ureinwohner (einschließlich Alaska-Ureinwohner, hawaiianische Ureinwohner oder andere Ureinwohner des Pazifiks) und Menschen mit Behinderungen. Ziel des Programms ist es, Biologen, die auf ihrem Gebiet unterrepräsentiert sind, und andere, die die Diversity-Ziele der NSF auf Postdoktorandenebene teilen, auf wissenschaftliche Führungspositionen in Wissenschaft, Industrie und Regierung vorzubereiten. Der Forschungs- und Ausbildungsplan in diesen Anträgen muss in den Zuständigkeitsbereich von BIO fallen und erläutern, wie die Stipendienvergabe die Beteiligung von unterrepräsentierten Personen auf Postdoktorandenebene in jedem von BIO unterstützten Bereich der biologischen Forschung erweitert oder effektiv fördert.

    Fellowship-Wettbewerbsbereich 2: Integrative Forschung zur Untersuchung der Lebensregeln, die die Wechselwirkungen zwischen Genomen, Umwelt und Phänotypen bestimmen

    Forschungsaktivitäten im Rahmen dieses Wettbewerbsbereichs Lebensregeln sollen zu einem neuen Verständnis führen, wie sich aus den Wechselwirkungen heterogener biologischer Komponenten, geprägt durch Umwelt und evolutionäre Prozesse, übergeordnete Strukturen und Funktionen biologischer Systeme ergeben. Das Verständnis, wie diese Schlüsseleigenschaften und Mechanismen lebender Systeme aus den Interaktionen von Genomen, Umgebungen und Phänotypen hervorgehen, wird voraussichtlich auch Theorien oder Modelle mit Vorhersagefähigkeit hervorbringen.

    In diesem Wettbewerbsbereich eingereichte Vorschläge müssen Kombinationen aus rechnerischen, beobachtenden, experimentellen und konzeptionellen Ansätzen verwenden, um die mechanistischen Beziehungen zwischen Genomen und Phänomen im Umweltkontext aufzuklären. Die Forschung muss auch hierarchische Analyseebenen über einen Teil oder das gesamte Kontinuum von Biomolekülen über Organismen bis hin zu Ökosystemen umfassen. Vorschläge sollten Beobachtungs- und experimentelle Datensätze in neue Modelle und/oder Theorien übersetzen, um Phänomene auf mehreren Ebenen der biologischen Organisation zu behandeln, indem überzeugende Forschungsfragen mit gut gestützten Erwartungen oder überprüfbaren Hypothesen gestellt werden.

    Es ist wahrscheinlich, dass erfolgreiche Bewerber ein Forschungsumfeld für ihr Stipendium wählen müssen, das Expertise in mehreren Disziplinen umfasst. Daher werden Kandidaten für dieses Wettbewerbsgebiet ermutigt, in der Projektbeschreibung zu beschreiben, wie die Eigenschaften der vorgeschlagenen Umgebung und/oder anderer zusammenarbeitender Forscher, einschließlich potenzieller Co-Mentor(en), falls zutreffend, zu den spezifischen Zielen des vorgeschlagenen Projekts beitragen werden und Training.

    Fellowship-Wettbewerbsbereich 3: Plant Genome Postdoctoral Research Fellowships

    Die Pflanzenforschung erfährt eine Revolution durch die Anwendung neuer Werkzeuge zur Genotypisierung und Phänotypisierung sowie in der quantitativen Theorie zur Selektion. Darüber hinaus erfordert die Flut an generierten Daten neue Computerwerkzeuge, um einen effektiven Rahmen für die pflanzenbiologische Grundlagenforschung und Pflanzenverbesserung zu schaffen. Der Zweck dieser Stipendien ist es, Postdoc-Ausbildungsmöglichkeiten anzubieten, die auf interdisziplinäre Forschung in der Pflanzenverbesserung und verwandten Wissenschaften wie Physiologie und Pathologie, quantitative Genetik, Computer- und synthetische Pflanzenbiologie abzielen. Bewerber mit einem starken Hintergrund in einem einzigen disziplinären Bereich sollten erwägen, ihr Fachwissen durch Forschung und Ausbildung in verwandten Bereichen zu erweitern.

    Erfolgreiche Bewerber werden Forschungs- und Ausbildungspläne vorschlagen, die sich deutlich von ihrer Absolventenforschung und -ausbildung unterscheiden. Durch die Verknüpfung von Grundlagenforschung und Pflanzenleistung im Feld zielt das Pflanzengenomforschungsprogramm darauf ab, grundlegende Entdeckungen und Innovationen bei wirtschaftlich wichtigen Pflanzen zu beschleunigen und ein verbessertes Management von Landwirtschaft, natürlichen Ressourcen und Umwelt zu ermöglichen, um den gesellschaftlichen Bedarf zu decken.

    Allgemeine Beschreibung der BIO Postdoctoral Fellowships

      Angemessenheit für BIO und Programmprioritäten

    Für den Wettbewerbsbereich 1 ist ein Forschungs- und Ausbildungsplan mit einem Schwerpunkt im Rahmen eines der Kernprogramme in BIO förderfähig. Für die Wettbewerbsbereiche 2 und 3 gelten weitere Einschränkungen (siehe Details in den Beschreibungen dieser Wettbewerbsbereiche). Seien Sie sich bewusst: "Forschung mit krankheitsbezogenen Zielen, einschließlich der Arbeit zur Ätiologie, Diagnose oder Behandlung von körperlichen oder psychischen Erkrankungen, Anomalien oder Fehlfunktionen beim Menschen, wird normalerweise nicht unterstützt. Tiermodelle solcher Erkrankungen oder die Entwicklung oder Erprobung von Medikamente oder andere Verfahren zu ihrer Behandlung sind ebenfalls nicht förderungswürdig." Sehen NSF-Vorschlags- und Vergaberichtlinien und -verfahrensleitfaden (PAPPG). Obwohl davon ausgegangen wird, dass Forschung von grundlegender biologischer Bedeutung oft breitere Auswirkungen auf die Medizin und die menschliche Gesundheit haben kann, werden Anträge, bei denen ein klarer biomedizinischer Schwerpunkt festgestellt wurde, ohne Prüfung zurückgeschickt. Wenn in Ihrem Antrag eine menschliche Krankheit erwähnt wird, sollten Sie die Angemessenheit mit einem der aufgeführten Programmbeauftragten besprechen. Priorität haben Forschungsbereiche, in denen BIO eine einzigartige oder besondere Rolle innerhalb der NSF-Programme und der Gesamtförderung des Bundes spielt. Wenn Ihre Forschung in einem Bereich der Biologie liegt, der nicht primär von BIO finanziert wird, oder wenn Sie sich unsicher sind, wird dringend empfohlen, sich an einen der BIO-Programmbeauftragten zu wenden, um die Angemessenheit der Forschung und Ausbildung zu besprechen.

    Forschung und Ausbildung, die durch diese Stipendien unterstützt werden, können an jeder geeigneten US-amerikanischen oder internationalen Gasteinrichtung durchgeführt werden. Geeignete Institutionen sind Colleges und Universitäten, private gemeinnützige Institute und Museen sowie staatliche Einrichtungen und Labors.

    Da es sich bei den Stipendien um eine Erweiterung der Perspektiven und Erfahrungen der Fellows sowie die Förderung interdisziplinärer Forschungskarrieren handelt, sollte die Auswahl der fördernden Wissenschaftler und Gastinstitutionen sorgfältig überlegt werden. Bevorzugt werden Bewerberinnen und Bewerber, die neue Standorte für das Stipendium vorschlagen. Bewerber, die vorschlagen, an ihrem derzeitigen Standort oder ihrer derzeitigen Position zu bleiben, müssen begründen, warum ein neuer Standort oder eine neue Position nicht vorgeschlagen wird.

    BIO ermutigt Fellows, internationale Erfahrungen zu sammeln, indem sie bei Bewerbungen für alle Wettbewerbsbereiche internationale Gastgeber für zumindest einen Teil der Dauer des Stipendiums auswählt. Bewerber für alle Wettbewerbsbereiche können erwägen, in Europa zusammen mit Kollegen zu forschen, die durch EU-finanzierte Stipendien des Europäischen Forschungsrats (ERC) unterstützt werden. Sehr geehrter Kollege Brief NSF 20-069 enthält Details zur Bewerbung und zu den Anforderungen.

    Bewerberinnen und Bewerber für die Wettbewerbsgebiete 1 und 2, die etwa ein Jahr des Stipendiums in einem Patenlabor im Ausland verbringen möchten, können statt der für diese Gebiete üblichen zweijährigen Laufzeit ein dreijähriges Stipendium beantragen. Die Stipendien der Competitive Area 3 haben alle eine Laufzeit von 3 Jahren, unabhängig davon, ob eine internationale Komponente vorgeschlagen wird. In jedem Fall müssen sowohl der internationale als auch der US-Standort in der Sponsoring Scientist-Erklärung im Antrag angegeben werden.

    Der Stipendiat muss während der gesamten Dauer des Stipendiums mit einer Gastinstitution(en) verbunden sein und einen oder mehrere fördernde Wissenschaftler auswählen, mit denen der Stipendiat zusammenarbeitet und die sowohl die vom Antragsteller vorgeschlagene Forschung als auch die Ausbildung betreuen . Für die vorherige Absprache mit der Gastinstitution und den fördernden Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern ist der Antragsteller selbst verantwortlich. Unabhängig von der Anzahl der Sponsoren oder Standorte erfordert der Stipendienantrag eine einzige Sponsoring-Wissenschaftlererklärung. Wenn mehr als ein Sponsor vorgeschlagen wird, muss einer als Hauptsponsor bezeichnet werden und die Informationen aller Sponsoren müssen in einer einzigen Stellungnahme zusammengefasst werden. Auch wenn mehr als ein Standort vorgeschlagen wird, muss die Aussage des Sponsoring Scientists alle Sponsoren und Standorte in einer einzigen Aussage zusammenfassen.

    Eine wichtige Grundlage für die Beurteilung der Eignung der Gastinstitution ist der Grad, in dem das Sponsoring Scientist Statement ein Forschungsumfeld und einen Mentoring-Plan beschreibt und anbietet, der die Stipendienaktivitäten unterstützt.

    Wenn ein Stipendium angeboten wird, kann der Antragsteller aufgefordert werden, von der Gastinstitution nachzuweisen, dass die Bedingungen des Stipendiums akzeptabel sind und dass dem Stipendiaten eine angemessene Betreuung, Räumlichkeiten, Grundversorgung, benötigte Ressourcen und Materialien zur Verfügung gestellt werden. Nach der Antragstellung müssen Orts- oder Trägerschaftsänderungen des Stipendiums vorab von der BIO genehmigt werden.

    III. AUSZEICHNUNGSINFORMATIONEN

    Das geschätzte Programmbudget und die Anzahl der Auszeichnungen hängen von der Verfügbarkeit der Mittel ab.

    Die Prämien werden im Frühjahr nach Ablauf der Frist vergeben, mit Beginn am 1. des Monats vom 1. Juni bis zum 1. März. Unterbrechungen der Amtszeit oder Verlängerungen ohne zusätzliche Kosten für NSF sind nur unter besonderen Umständen zulässig, wie z. B. Familien- oder Krankheitsurlaub , und benötigen eine NSF-Zulassung. Stipendien sind nicht verlängerbar.

    Wettbewerbsbereiche 1 und 2.

    Die Stipendiendauer beträgt in der Regel 24 zusammenhängende Monate, außer wenn der Stipendiat ein Jahr oder länger im Ausland verbringt. In diesem Fall kann der ursprüngliche Antrag eine 36-monatige Amtszeit beantragen.

    Wettbewerbsbereich 3.

    Die Dauer des Stipendiums für den Wettbewerbsbereich 3 beträgt 36 zusammenhängende Monate.

    Für das Basisstipendium beträgt der Gesamtbetrag des Stipendiums 69.000 US-Dollar pro Jahr und setzt sich aus zwei Arten von Zahlungen zusammen: einem Stipendium und einer Forschungs- und Ausbildungsvergütung. Ein monatliches Stipendium von 4.500 US-Dollar wird direkt an den Fellow ausgezahlt. Die Stipendienzulage von 15.000 US-Dollar pro Jahr wird nach Ermessen des Stipendiaten bereitgestellt und ausgegeben, mit Ausnahme von Auslandsreisen, für die eine vorherige Genehmigung der NSF erforderlich ist. Dieser Zuschuss soll forschungs- und ausbildungsbezogene Kosten sowie Nebenleistungen decken. Zu den anrechenbaren Forschungs- und Ausbildungskosten gehören Reisen, wie z. B. kurzfristige Besuche in anderen Einrichtungen oder Laboratorien, Feldarbeiten und Teilnahme an wissenschaftlichen Tagungen, Ausbildung, Spezialausrüstung, IT-Ausrüstung und -Software, Verbrauchsmaterial, Veröffentlichungskosten, Zugangsgebühren für Datenbanken und andere forschungsbezogene Ausgaben. Der Fellow sollte Aufzeichnungen führen, um die Ausgaben zu dokumentieren. Zu den anrechenbaren Kosten für Nebenleistungen gehören Einzel- oder Familienkrankenversicherung (jede Kombination aus Kranken-, Seh- und/oder Zahnversicherung), ob als Gruppen- oder Einzelplan abgeschlossen, Invalidenversicherung, Altersvorsorge, Pflegebedürftigkeit und Umzugskosten. Alle Zahlungen erfolgen direkt an den Fellow als elektronische Überweisung auf ein persönliches Konto bei einem US-Finanzinstitut.

    Innerhalb des Stipendienzeitraums kann ein Monat pro Jahr der Stipendiendauer für bezahlten Urlaub, einschließlich Eltern- oder Familienurlaub, in Anspruch genommen werden. Der bezahlte Urlaub kann nicht dazu verwendet werden, die NSF-Unterstützung über die Dauer des Stipendiums hinaus zu erhöhen. NSF ermöglicht die Vereinbarkeit von Beruf und Privatleben durch eine Vielzahl von Mechanismen.

    Der Stipendienbetrag kann um einen Facilitation Award for Scientists and Engineers with Disabilities (FASED) erhöht werden. Bei der Beantragung einer FASED-Förderung sollten sich Antragsteller vor der Antragstellung an das Programm Postdoctoral Research Fellowships in Biology wenden.

    Stipendien können durch Gastwissenschaftler/innen und Gastinstitutionen mit Mitteln außerhalb des Bundes ergänzt werden, jedoch nur, wenn die zusätzlichen Mittel keine über die durch das Stipendium geförderte Forschung und Ausbildung hinausgehenden Aufgaben mit sich bringen.

    NS. INFORMATIONEN ZUR BERECHTIGUNG

    Wer kann Vorschläge einreichen:

    • Nicht verbundene Personen: Wissenschaftler, Ingenieure oder Pädagogen in den USA, die US-Bürger oder ständige Einwohner der USA sind.

      Bewerben können sich nur Einzelpersonen. NSF-Postdoc-Stipendien werden an Einzelpersonen vergeben und Anträge werden direkt von den Antragstellern bei der NSF eingereicht. Die Anträge müssen jedoch Aussagen von Sponsoring Scientists enthalten und die Antragsteller müssen einer geeigneten US-amerikanischen oder internationalen Gastinstitution angehören, z.B., Hochschulen und Universitäten sowie privat finanzierte gemeinnützige Institute und Museen, Regierungsbehörden und Labors sowie unter besonderen Bedingungen gewinnorientierte Organisationen.

    Wer darf als PI dienen:

    • ein US-Bürger (oder Staatsbürger) oder ein ständiger Wohnsitz in den USA sein, d.h., bei der Bewerbung eine "Green Card" haben
    • einen Forschungsplan vorlegen, der in den Zuständigkeitsbereich von BIO und den Schwerpunkt für jeden der ausgewählten Bereiche fällt, wie in dieser Ausschreibung beschrieben
    • den Doktorgrad in einem geeigneten Fachgebiet vor Antritt des Stipendiums erwerben
    • Wählen Sie fördernde Wissenschaftler, Abteilungen und Institutionen aus, die eine bedeutende Möglichkeit bieten, Ihren Forschungsschwerpunkt und Ihre Ausbildung zu erweitern und
    • nicht dieselbe Forschung bei einem anderen NSF-Postdoc-Stipendienprogramm eingereicht haben.

    Begrenzung der Anzahl der Vorschläge pro Organisation:

    Begrenzung der Anzahl der Vorschläge pro PI oder Co-PI: 1

    Bewerberinnen und Bewerber können pro Geschäftsjahr nur einen Stipendienantrag bei der BIO einreichen und dürfen sich in höchstens 2 aufeinander folgenden Jahren für alle Postdoctoral Fellowships in Biology bewerben.

    V. VORSCHLAGVORBEREITUNG UND ANWEISUNGEN ZUR EINREICHUNG

    A. Anweisungen zur Angebotserstellung

    Vollständige Angebotsanweisungen: Vorschläge, die als Reaktion auf diese Programmanfrage eingereicht werden, sollten in Übereinstimmung mit den in der NSF-Vorschlags- und Vergaberichtlinien und Leitfaden für Verfahren (PAPPG). Der vollständige Text des PAPPG ist elektronisch auf der NSF-Website verfügbar unter: https://www.nsf.gov/publications/pub_summ.jsp?ods_key=pappg. Papierexemplare des PAPPG sind beim NSF Publications Clearinghouse, Telefon (703) 292-8134 oder per E-Mail unter [email protected] erhältlich.

    Siehe PAPPG Kapitel II.C.2 für eine Anleitung zu den erforderlichen Abschnitten eines vollständigen Forschungsantrags, der bei der NSF eingereicht wird. Bitte beachten Sie, dass die Anweisungen zur Angebotserstellung in dieser Programmausschreibung von den Anweisungen der PAPPG abweichen können.

    Zubereitungshinweise abweichend von PAPPG

    Fügen Sie alle angeforderten Informationen und Unterlagen hinzu und fügen Sie hinzu nur was konkret verlangt wird. Seitenbeschränkungen umfassen Bilder, Abbildungen, Tabellen, Grafiken usw. Vorschläge, die diesen Anforderungen nicht entsprechen und alle Seitenbeschränkungen werden ohne Überprüfung zurückgegeben. Nach Ablauf der Frist haben Sie keine Möglichkeit, den Antrag zu korrigieren, zu kürzen oder erneut einzureichen. Vorschläge müssen elektronisch über das NSF FastLane-System eingereicht werden. Es werden nur vollständige und fristgerechte Bewerbungen akzeptiert, nicht konforme Bewerbungen werden ohne Prüfung zurückgeschickt, ebenso unvollständige oder verspätete Bewerbungen. Ein vollständig eingereichter FastLane-Antrag erfordert Materialien von Ihnen (dem Antragsteller), eine Stellungnahme und einen Lebenslauf von Ihrem/n fördernden Wissenschaftler(n) und 2 Referenzschreiben (eines vom Betreuer der Doktorarbeit).

    Die Vorbereitung Ihres Stipendienantrags unterscheidet sich in mehrfacher Hinsicht von der Vorbereitung eines Forschungsantrags:

    • Reichen Sie Ihren Antrag nicht über ein Büro für geförderte Projekte an Ihrer Heimat- oder Gastinstitution ein, sondern reichen Sie den Antrag als Einzelperson ein. Bevor Sie oder Ihre Referenzen Zugang zum Bewerbungs- und Referenzverfahren erhalten, müssen Sie sich zunächst als Einzelforscher registrieren.Um FastLane zu verwenden, gehen Sie zur NSF-Website https://www.nsf.gov/ und wählen Sie „FastLane“ oder direkt zur FastLane-Homepage http://www.fastlane.nsf.gov/. Klicken Sie auf die Postdoc-Stipendien und andere Programme Tab. Klicken Sie auf "Bewerber" und wählen Sie dann Postdoctoral Research Fellowships in Biology. Eine vollständige Schritt-für-Schritt-Anleitung zum Thema "Bewerbung" finden Sie auf der Programm-Webseite.
    • Die erforderlichen Informationen des/der fördernden Wissenschaftler(s) finden Sie auf der FastLane-Homepage, nachdem Sie auf die Frage „Wer sind Sie?“ mit „Sponsoring Scientist“ geantwortet haben. Frage. Das Statement des Sponsoring Scientist und Lebenslauf(s) müssen in die Bewerbung hochgeladen werden.
    • Die von den Referenzautoren benötigten Informationen finden Sie auf der FastLane-Homepage, nachdem Sie "Letter of Reference Writer" auf die Frage "Wer sind Sie?" Frage. Ihre Referenzen geben ihre Briefe direkt in FastLane ein.

    Eine vollständige Bewerbung für ein Postdoc-Stipendium besteht aus den folgenden Punkten: (Notiz: Der gesamte Antrag, mit Ausnahme der Referenzschreiben, muss vom Stipendienbewerber in FastLane eingereicht werden):

    1. NSF-Titelseite
    2. FastLane-Antragsformular (dieses Formular gilt nur für Stipendien und kann nur in FastLane aufgerufen werden, indem die hier beschriebenen Anweisungen befolgt werden. Bewerbungen, bei denen das Formular unvollständig ist, werden ohne Überprüfung zurückgesandt. Geben Sie Keine oder N/A ein, wenn Sie keine Informationen haben für einige der Gegenstände bereitzustellen)
    3. Projektzusammenfassung (begrenzt auf eine Seite). Die Projektzusammenfassung muss einen Überblick und separate Aussagen zum intellektuellen Wert und zu weiteren Auswirkungen enthalten. Das Stipendium besteht aus Forschung, Ausbildungszielen für den Stipendiaten und Karriereentwicklungsaktivitäten, daher müssen alle in der Übersicht dargestellt werden. Die Forschungspläne und -ziele sollten im Abschnitt über . beschrieben werden intellektuelles Verdienst Ausbildung, Karriereentwicklung, Bildungs- oder Öffentlichkeitsarbeit und Pläne zur Erweiterung der Beteiligung sollten im Abschnitt über . beschrieben werden breitere Auswirkungen. Siehe Abschnitt VI. A. Unten finden Sie Hinweise des National Science Board zu zusätzlichen weiterreichenden Auswirkungen, die Sie möglicherweise einbeziehen möchten. Wenn in der Projektzusammenfassung der intellektuelle Wert und die Breitenwirkung des Stipendiums nicht in gesonderten Erklärungen klar erwähnt werden, wird der Antrag ohne Prüfung zurückgesendet.
    4. Projektbeschreibung (Forschungs- und Ausbildungsplan) (begrenzt auf 6 Seiten, einschließlich aller Abbildungen, Tabellen usw.) einschließlich eines Zeitplans mit Jahreszielen mit Benchmarks für die wichtigsten erwarteten Ergebnisse und einer Beschreibung der zukünftigen Forschungs- und Karriererichtungen. Sie müssen Ziele sowohl für die Forschungs- als auch für die Ausbildungskomponenten, die Sie im Rahmen des Stipendiums absolvieren, identifizieren und präsentieren. Sie müssen in diesem Abschnitt auch die breiteren Auswirkungen des Stipendiums über Ihre eigene Ausbildung hinaus ansprechen. Es reicht nicht aus, die breiteren Auswirkungen nur in der Projektzusammenfassung zu behandeln. Dies sollte einen Plan für umfassendere Auswirkungen mit Meilensteinen und einem ungefähren Zeitplan umfassen. Darüber hinaus wird erwartet, dass jeder Vorschlag eine Beschreibung der Pläne zur Erhöhung der Beteiligung an der Wissenschaft enthält. Ihre Bewerbung wird von einem interdisziplinären Gremium begutachtet und der Forschungsteil sollte keinen Jargon und keine Akronyme enthalten, die für ein breites Spektrum von Wissenschaftlern nicht verständlich sind. Schneiden Sie die Projektzusammenfassung nicht aus und fügen Sie sie in die Projektbeschreibung ein. Der Platz ist sehr begrenzt und sich wiederholender Text raubt Ihnen wertvollen Raum, um Ihre Ideen zu präsentieren und vollständig zu entwickeln.
    5. Zitierte Referenzen: Bibliographie zur Projektbeschreibung (keine Seitenbegrenzung)
    6. Biographical Sketch: Curriculum Vitae (CV) des Bewerbers begrenzt auf 2 Seiten (Publikationen und Abstracts separat auflisten, wenn beides zu berichten ist)
    7. Laufende und ausstehende Unterstützung: Beziehen Sie aktuelle und geplante Anträge oder Vorschläge für andere Stipendienprogramme ein.
    8. Ergänzende Dokumentation bestehend aus:
      • Eine Zusammenfassung Ihrer Dissertationsforschung (begrenzt auf eine Seite)
      • Aussage des/der Sponsoring Scientist(s) (begrenzt auf 3 Seiten) und 2-seitige(r) Lebenslauf(en) und
      • Ein Datenmanagementplan. Alle Anwendungen muss ein zusätzliches Dokument von nicht mehr als 2 Seiten mit der Bezeichnung „Datenmanagementplan“ beifügen, das Pläne für die Datenverwaltung und den Austausch von Forschungsergebnissen beschreibt oder behauptet, dass solche Pläne nicht erforderlich sind.
    9. Zwei Referenzschreiben, die von den Referenzautoren direkt in FastLane eingereicht wurden. Einer sollte Ihr Betreuer für Ihre Abschlussarbeit sein. Tun nicht Verwenden Sie Ihren fördernden Wissenschaftler als Referenz.

    Anleitung zur Projektbeschreibung (Forschungs- und Ausbildungsplan):

    Der Forschungs- und Ausbildungsplan stellt dar, welche Forschung Sie durchführen und welche Ausbildung Sie während des Stipendienzeitraums erhalten und wie diese mit Ihren Karrierezielen zusammenhängen. In den Forschungs- und Ausbildungsplan aufnehmen: 1) ein sehr knapp und informativer Einführungs- oder Hintergrundabschnitt 2) eine Darstellung der Forschungsfragen mit Erwartungen und Bedeutung sowie Forschungsansatz und -methoden 3) Ausbildungsziele und Plan zu deren Erreichung (dies kann sowohl wissenschaftliche als auch andere berufsvorbereitende Aktivitäten wie Lehre umfassen) 4) eine Erläuterung, wie die Stipendienaktivitäten Ihre Karriereentwicklung und zukünftige Forschungsrichtungen verbessern werden, sowie eine Beschreibung der Unterschiede zwischen dieser Forschung und Ihrer Dissertation ) einen Zeitplan mit Jahreszielen mit Benchmarks für die wichtigsten erwarteten Ergebnisse und 7) wie bei allen NSF-Vorschlägen müssen auch breitere Auswirkungen, einschließlich aller Pläne zur Erhöhung der Vielfalt, in einem separaten Abschnitt mit der Überschrift „Weitere Auswirkungen“ behandelt werden. im Wettbewerbsbereich 1 müssen diese Pläne einen Schwerpunkt darauf enthalten, wie Vielfalt an den Postdoc-Stufe wird verstärkt.

    Bei einigen Anträgen sind möglicherweise andere Unterlagen erforderlich, bevor die endgültige Entscheidung getroffen werden kann. z.B., Tierpflege und -nutzung, menschliche Subjekte, staatliche Genehmigungen, Kooperationsschreiben und Verpflichtungen aus privaten Quellen. Ihre Existenz sollte im Forschungs- und Ausbildungsplan vermerkt werden, aber sie sollten nichtin den Antrag aufgenommen werden. NSF kann sie später anfordern.

    Leitlinien zur Stellungnahme des/der Sponsoring Scientist(s):

    Die Stellungnahme des/der Sponsoring Scientist(s) soll aufzeigen, wie der/die vorgeschlagene(n) Gastgeber(n) und die Gastinstitution(en) ein starkes Umfeld für den vorgeschlagenen Forschungs- und Ausbildungsplan des Fellows bieten und die Grundlage für eine zukünftige unabhängige Forschungskarriere bilden. Es sollte daher einen konkreten Mentoring-Plan enthalten, eine Beschreibung, wie die Selbständigkeit des Fellows gefördert werden soll, einschließlich, entsprechend den Karrierezielen, wie das Projekt als eigenständiger Forschungsschwerpunkt für den Fellow in einer nächsten Position weitergeführt werden könnte. Unabhängig von der Anzahl der Sponsoren muss ein integriertes Statement entwickelt und eingereicht werden. Beabsichtigt der Fellow, im Rahmen der Karriereförderung zu lehren, beschränkt sich der Fellow auf die Lehrveranstaltungen oder Unterthemen innerhalb und bestehender Lehrveranstaltungen des/der fördernden Wissenschaftlers/in bzw Forschungsprojekt des Stipendiums Der Stipendiat darf nicht der Dozent für einen gesamten Kurs sein, es sei denn, es werden andere Unterstützungsmechanismen bereitgestellt. In der Stellungnahme des/der fördernden Wissenschaftler(s) muss die Betreuung angegeben sein, die der Fellow in der Lehre erhält, falls zutreffend. Von Sponsoren wird nicht erwartet, dass sie das gesamte Mentoring selbst bereitstellen und können alle auf dem Campus oder durch andere Organisationen verfügbaren Ressourcen in Anspruch nehmen. z.B., Fachgesellschaften, Postdoktoranden etc.

    Zur Erinnerung: Ein vollständiges Statement des Sponsoring Scientist besteht aus zwei Teilen, einem Lebenslauf von maximal zwei Seiten für jeden Sponsor und einer einzelnen Diskussion (maximal 3 Seiten) der folgenden Punkte:

    1. Eine kurze Beschreibung der Forschungsprojekte in der/den Gastforschungsgruppe(n), einschließlich einer Erklärung über die aktuelle und anstehende Forschungsförderung, sowohl privat als auch öffentlich, für jeden Sponsor. Wenn ein Sponsor ähnliche Forschungsarbeiten zur Förderung eingereicht hat, muss der Grad der Überschneidung berücksichtigt werden.
    2. Eine Beschreibung, wie sich der Forschungs- und Ausbildungsplan für den Antragsteller in die laufende Forschung des/der Sponsors einfügen und diese ergänzen würde, sowie eine Angabe des Personals, mit dem der Fellow zusammenarbeiten würde.
    3. Eine Erklärung, wie der/die Sponsor(en) bestimmen, welche Mentoring-Bedarf der Antragsteller in Forschung, Lehre und Karriereentwicklungskompetenzen braucht und wie diese in einen spezifischen Plan umgesetzt werden, der die Entwicklung der zukünftigen unabhängigen Forschungskarriere des Antragstellers fördert.
    4. Eine Beschreibung der Rolle, die der/die Sponsor(en) bei der vorgeschlagenen Forschung und Ausbildung spielen wird, und der anderen Ressourcen, die dem Fellow zur Verfügung stehen, um seinen Ausbildungsplan während des Stipendiums zu vervollständigen.
    5. Eine Beschreibung der Einschränkungen, die dem Stipendiaten auferlegt werden können, um das Forschungsprojekt im Anschluss an das Stipendium selbstständig fortzuführen.

    Das Sponsoring Scientist Statement sollte in FastLane als „Supplementary Document“ in Ihre Bewerbung hochgeladen werden.

    Anleitung zu den Referenzschreiben

    Ihre Bewerbung muss auch die beiden Referenzen enthalten, die auf Ihrem Bewerbungsformular aufgeführt sind. Einer sollte Ihr Betreuer für Ihre Abschlussarbeit sein. Tun nicht Verwenden Sie Ihren fördernden Wissenschaftler als Referenz. Ihre Referenzen benötigen Ihre von FastLane zugewiesene temporäre Angebotsnummer und ein von Ihnen vergebenes Passwort. FastLane erlaubt Ihnen, ihnen eine E-Mail mit diesen Informationen zu senden, oder Sie können sie ihnen direkt zur Verfügung stellen. Sie müssen das Passwort bei der ersten Anmeldung am Referenzmodul ändern. Sie füllen in FastLane ein Referenzformular aus, laden ein Empfehlungsschreiben hoch und reichen dann die Referenz ein.

    Checkliste für die Einreichung

    Diese Checkliste wird zur Verfügung gestellt, um bei der Vorbereitung des Vorschlags zu helfen, die Last, um sicherzustellen, dass der Vorschlag vollständig ist und alle Aufforderungsanforderungen erfüllt, verbleibt beim Antragsteller. Jeder Vorschlag sollte enthalten:

    • Ein FastLane-Antragsformular
    • Projektzusammenfassung mit einer Übersicht und separaten Abschnitten sowohl für den intellektuellen Wert als auch für die breitere Wirkung (1 Seite)
    • Projektbeschreibung (6 Seiten)
    • Verweise
    • Biographische Skizze (2 Seiten)
    • Aktueller und anstehender Support des Antragstellers
    • Zusammenfassung der Dissertationsforschung (1 Seite)
    • Statement des Sponsoring Scientist (3 Seiten)
    • Biografische Skizze(n) des Sponsoring Scientist (je 2 Seiten)
    • Datenmanagementplan (2 Seiten)

    Antragsteller werden daran erinnert, die NSF-Publikationsnummer (auf der ersten Seite dieses Dokuments) im Programmanfrageblock auf dem NSF-Deckblatt für einen Vorschlag an die National Science Foundation anzugeben. Die Einhaltung dieser Anforderung ist entscheidend für die Festlegung der relevanten Richtlinien für die Angebotsbearbeitung. Werden diese Informationen nicht übermittelt, kann sich die Verarbeitung verzögern.

    B. Haushaltsinformationen

    Kostenteilung:

    Die Aufnahme einer freiwillig zugesagten Kostenbeteiligung ist untersagt.

    Andere Haushaltsbeschränkungen:

    Die Höhe des Stipendiums richtet sich bei Postdoktorandenstipendien nach der Laufzeit des Stipendiums. FastLane generiert das Budget. Antragsteller müssen keine Budgetinformationen eingeben. Aus dem Forschungs- und Ausbildungsplan sollte die gewünschte Dauer ersichtlich sein.

    C. Fälligkeitsdaten

    Vollständige Angebotsfrist(en) (Fällig bis 17:00 Uhr Ortszeit des Einsenders):

    D. FastLane-Anforderungen

    Antragsteller müssen alle Vorschläge für diese Programmanfrage unter Verwendung des NSF FastLane-Systems vorbereiten und einreichen. Detaillierte Anweisungen zu den technischen Aspekten der Angebotserstellung und Einreichung über FastLane finden Sie unter: https://www.fastlane.nsf.gov/a1/newstan.htm. Für Support für FastLane-Benutzer rufen Sie den FastLane Help Desk unter 1-800-673-6188 an oder senden Sie eine E-Mail an [email protected] Der FastLane Help Desk beantwortet allgemeine technische Fragen zur Verwendung des FastLane Systems. Spezifische Fragen im Zusammenhang mit dieser Programmanfrage sollten an die in Abschnitt VIII dieser Fördermöglichkeit aufgeführten NSF-Mitarbeiterkontakte gerichtet werden.

    Einreichung von elektronisch signierten Deckblättern. Der Bevollmächtigte Organisationsvertreter (AOR) muss das Antragsdeckblatt elektronisch unterzeichnen, um die erforderlichen Antragszertifizierungen einzureichen (eine Auflistung der Zertifizierungen finden Sie in PAPPG Kapitel II.C.1.d). Der AOR muss zum Zeitpunkt der Antragseinreichung die erforderlichen elektronischen Zertifizierungen vorlegen. Weitere Anweisungen zu diesem Verfahren finden Sie auf der FastLane-Website unter: https://www.fastlane.nsf.gov/fastlane.jsp.

    VI. VERARBEITUNG VON NSF-VORSCHLÄGEN UND ÜBERPRÜFUNGSVERFAHREN

    Bei der NSF eingegangene Vorschläge werden dem entsprechenden NSF-Programm zugewiesen, wo sie überprüft werden, ob sie die Anforderungen der NSF-Vorschlagsvorbereitung erfüllen. Alle Vorschläge werden von einem Wissenschaftler, Ingenieur oder Pädagogen, der als NSF-Programmbeauftragter fungiert, und in der Regel von drei bis zehn weiteren Personen außerhalb der NSF, die Experten in den jeweiligen Bereichen des Vorschlags sind, sorgfältig geprüft. Diese Gutachter werden von Programmbeauftragten ausgewählt, die mit der Überwachung des Überprüfungsprozesses betraut sind. Antragsteller werden aufgefordert, Namen von Personen vorzuschlagen, die ihrer Meinung nach besonders gut geeignet sind, den Vorschlag zu prüfen, und/oder Personen, die sie nicht prüfen möchten. Diese Vorschläge können nach Ermessen des Programmbeauftragten als eine Quelle im Auswahlverfahren für Gutachter dienen. Die Angabe solcher Namen ist jedoch optional. Es wird darauf geachtet, dass die Gutachterinnen und Gutachter keine Interessenkonflikte mit dem Vorschlag haben.

    A. NSF-Leistungsüberprüfungskriterien

    Alle NSF-Vorschläge werden anhand der beiden vom National Science Board (NSB) genehmigten Leistungsbewertungskriterien bewertet: intellektueller Wert und die breiteren Auswirkungen der vorgeschlagenen Bemühungen. In einigen Fällen wird die NSF jedoch nach Bedarf zusätzliche Kriterien anwenden, um die spezifischen Ziele bestimmter Programme und Aktivitäten hervorzuheben.

    Die beiden von der NSB anerkannten Kriterien für die Verdienstprüfung sind unten aufgeführt. Die Kriterien beinhalten Überlegungen, die bei der Definition helfen. Diese Überlegungen sind Vorschläge und nicht alle treffen auf einen bestimmten Vorschlag zu. Während die Antragsteller beide Kriterien für die Verdienstprüfung berücksichtigen müssen, werden die Gutachter gebeten, nur die Erwägungen zu berücksichtigen, die für den geprüften Vorschlag relevant sind und für die der Gutachter qualifiziert ist, Urteile abzugeben.

    Was ist der intellektuelle Wert der vorgeschlagenen Aktivität?
    Wie wichtig ist die vorgeschlagene Aktivität für die Weiterentwicklung von Wissen und Verständnis innerhalb ihres eigenen Bereichs oder über verschiedene Bereiche hinweg? Wie gut ist der Antragsteller (Einzelperson oder Team) für die Durchführung des Projekts qualifiziert? (Gegebenenfalls wird der Gutachter die Qualität der vorherigen Arbeit kommentieren.) Inwieweit schlägt die vorgeschlagene Aktivität kreative, originelle oder potenziell transformative Konzepte vor und untersucht diese? Wie gut konzipiert und organisiert ist die vorgeschlagene Aktivität? Gibt es ausreichenden Zugang zu Ressourcen?

    Was sind die breiteren Auswirkungen der vorgeschlagenen Aktivität?
    Wie gut fördert die Aktivität das Entdecken und Verstehen und fördert gleichzeitig das Lehren, Training und Lernen? Wie gut erweitert die vorgeschlagene Aktivität die Beteiligung unterrepräsentierter Gruppen (z. B. Geschlecht, ethnische Zugehörigkeit, Behinderung, geografische Lage usw.)? Inwieweit wird es die Infrastruktur für Forschung und Bildung wie Einrichtungen, Instrumente, Netzwerke und Partnerschaften verbessern? Werden die Ergebnisse weit verbreitet, um das wissenschaftliche und technologische Verständnis zu verbessern? Welchen Nutzen kann die vorgeschlagene Aktivität für die Gesellschaft haben?

    Beispiele zur Veranschaulichung von Aktivitäten, die voraussichtlich weitreichendere Auswirkungen zeigen, sind auf der NSF-Website unter folgender Adresse verfügbar: https://www.nsf.gov/pubs/policydocs/pappg17_1/pappg_3.jsp#IIIA2b.

    Zusätzliche werbespezifische Überprüfungskriterien

    Die Bewerber werden nach ihren Fähigkeiten und Leistungen bewertet, die durch die eingereichten Unterlagen nachgewiesen werden LEBENSLAUF. Der Forschungsplan wird nach wissenschaftlichem Wert, Durchführbarkeit, Potenzial zur Generierung neuer biologischer Erkenntnisse und nach Nachweis des starken unabhängigen wissenschaftlichen Denkens und der Initiative des Antragstellers bewertet. Der Ausbildungsplan wird dahingehend bewertet, inwieweit sich die vorgeschlagene Forschung von der Dissertation unterscheidet, welche Auswirkungen dies auf die Karriereentwicklung des Bewerbers hat und die Expertise des Sponsors in Bezug auf die vorgeschlagene Forschung und die Betreuung von Auszubildenden. Pläne zur Erhöhung der Diversität und zur Ausweitung der Beteiligung an der Wissenschaft werden auch von Gutachtern in allen drei Wettbewerbsbereichen bewertet. Weitere wichtige Bewertungsfaktoren sind die Eignung der Gasteinrichtung(en), einschließlich der Kollegen und Einrichtungen.

    Zusätzliche Bewertungskriterien, die für jeden Wettbewerbsbereich spezifisch sind:

    Zum Wettbewerbsbereich 1, Ausweitung der Beteiligung der in der Biologie unterrepräsentierten Gruppen, werden die Gutachter potenzielle Auswirkungen des Vorschlags bewerten, um die Beteiligung von Mitgliedern unterrepräsentierter Gruppen explizit auf Postdoktorandenebene zu verbessern.

    Zum Wettbewerbsbereich 2, Integrative Forschung zur Untersuchung der Lebensregeln, die die Wechselwirkungen zwischen Genomen, Umwelt und Phänotypen bestimmen, werden die Gutachter die Verwendung mehrerer Ansätze, die von der Forschung überspannte Skala der biologischen Organisation und den Vorhersagewert von Forschungsergebnissen oder -produkten berücksichtigen.

    Zum Wettbewerbsbereich 3, Plant Genome Postdoctoral Research Fellowships, werden die Gutachter prüfen, wie die vorgeschlagenen Aktivitäten die Forschungsziele des Pflanzengenom-Forschungsprogramms adressieren und sich auf die interdisziplinäre Forschung in einem oder mehreren Bereichen im Zusammenhang mit Pflanzenverbesserung, Genomik, Physiologie, Pathologie, quantitativer Genetik, Computer- oder Synthetische Biologie der Pflanzen.

    Die NSF-Mitarbeiter werden bei Finanzierungsentscheidungen auch Folgendes sorgfältig berücksichtigen:

    Integration von Forschung und Bildung
    Eine der Hauptstrategien zur Unterstützung der Ziele der NSF besteht darin, die Integration von Forschung und Bildung durch die von ihr unterstützten Programme, Projekte und Aktivitäten an akademischen und Forschungseinrichtungen zu fördern. Diese Institutionen bieten zahlreiche Möglichkeiten, in denen Einzelpersonen gleichzeitig Verantwortung als Forscher, Pädagogen und Studenten übernehmen können und alle gemeinsam Anstrengungen unternehmen können, um die Bildung mit der Begeisterung für das Entdecken zu erfüllen und die Forschung durch die Vielfalt der Lernperspektiven zu bereichern.

    Integration von Vielfalt in NSF-Programme, -Projekte und -Aktivitäten
    Die Erweiterung der Möglichkeiten und die Ermöglichung der Teilhabe aller Bürgerinnen und Bürger – Frauen und Männer, unterrepräsentierte Minderheiten und Menschen mit Behinderungen – sind für die Gesundheit und Vitalität von Wissenschaft und Technik von wesentlicher Bedeutung. NSF bekennt sich zu diesem Grundsatz der Vielfalt und betrachtet ihn als zentralen Bestandteil der von ihm betrachteten und unterstützten Programme, Projekte und Aktivitäten.

    B. Überprüfungs- und Auswahlverfahren

    Vorschläge, die als Reaktion auf diese Programmanfrage eingereicht werden, werden durch Ad-hoc-Review und/oder Panel-Review geprüft.

    Gutachter werden gebeten, Vorschläge anhand von zwei vom National Science Board genehmigten Bewertungskriterien und gegebenenfalls zusätzlichen programmspezifischen Kriterien zu bewerten.Eine zusammenfassende Bewertung und ein begleitender Bericht werden in der Regel von jedem Gutachter und/oder Gremium ausgefüllt und eingereicht. Der mit der Begutachtung des Antrags betraute Programmbeauftragte wird den Rat der Gutachter berücksichtigen und eine Empfehlung formulieren.

    Nach wissenschaftlicher, technischer und programmatischer Prüfung und Abwägung geeigneter Faktoren empfiehlt der NSF-Programmbeauftragte dem zuständigen Abteilungsleiter, ob der Antrag abgelehnt oder zur Vergabe empfohlen wird. Die NSF ist bestrebt, den Antragstellern innerhalb von sechs Monaten mitteilen zu können, ob ihre Vorschläge abgelehnt oder zur Förderung empfohlen wurden. Große oder besonders komplexe Vorschläge oder Vorschläge von neuen Preisträgern können zusätzliche Überprüfungs- und Bearbeitungszeit erfordern. Das Zeitintervall beginnt mit dem Stichtag oder dem Zieldatum oder dem Eingangsdatum, je nachdem, welches das spätere ist. Das Intervall endet, wenn der Abteilungsleiter auf Empfehlung des Programmbeauftragten handelt.

    Nach Erhalt der programmatischen Genehmigung werden die zur Finanzierung empfohlenen Vorschläge zur Prüfung der geschäftlichen, finanziellen und politischen Auswirkungen an die Abteilung für Zuschüsse und Vereinbarungen weitergeleitet. Nach einer administrativen Überprüfung führen die Beauftragten für Finanzhilfen und Vereinbarungen die Bearbeitung und Ausstellung einer Finanzhilfe oder einer anderen Vereinbarung durch. Antragsteller werden darauf hingewiesen, dass nur ein Beauftragter für Zuschüsse und Vereinbarungen im Namen der NSF Zusagen, Verpflichtungen oder Auszeichnungen eingehen oder die Ausgabe von Mitteln genehmigen kann. Aus fachlichen oder budgetären Gesprächen mit einem NSF-Programmbeauftragten sollte keine Verpflichtung seitens der NSF abgeleitet werden. Ein Principal Investigator oder eine Organisation, die finanzielle oder personelle Verpflichtungen eingehen, ohne dass eine vom NSF Grants and Agreements Officer unterzeichnete Finanzhilfe- oder Kooperationsvereinbarung vorliegt, tut dies auf eigenes Risiko.

    Sobald eine Entscheidung über eine Vergabe oder Ablehnung getroffen wurde, erhalten die Principal Investigators Feedback zu ihren Vorschlägen. In allen Fällen werden Bewertungen als vertrauliche Dokumente behandelt. Wörtliche Kopien der Gutachten, ohne die Namen der Gutachter oder Informationen zur Identifikation des Gutachters, werden vom Programmbeauftragten an den Hauptprüfarzt/Projektleiter gesendet. Darüber hinaus erhält der Antragsteller eine Begründung der Entscheidung über die Gewährung oder Ablehnung der Förderung.

    VII. INFORMATIONEN ZUR AUSZEICHNUNGSVERWALTUNG

    A. Bekanntgabe der Auszeichnung

    Die Benachrichtigung über die Auszeichnung erfolgt an die einreichende Organisation von einem Grants Officer in der Abteilung Grants and Agreements. Organisationen, deren Vorschläge abgelehnt werden, werden so schnell wie möglich vom zuständigen NSF-Programm, das das Programm verwaltet, benachrichtigt. Wörtliche Kopien der Gutachten, ohne die Identität des Gutachters, werden dem Hauptprüfarzt automatisch zur Verfügung gestellt. (Weitere Informationen zum Überprüfungsprozess finden Sie in Abschnitt VI.B.)

    B. Prämienbedingungen

    Ein NSF-Zuschuss besteht aus: (1) dem Zuschlagsbescheid, der alle auf den Zuschlag anwendbaren Sonderbestimmungen und alle nummerierten Ergänzungen dazu enthält, (2) das Budget, das die Beträge nach Ausgabenkategorien angibt, auf denen NSF seine Unterstützung gestützt hat (oder auf sonstige Weise spezifische Genehmigungen oder Ablehnungen von vorgeschlagenen Ausgaben mitteilt) (3) den in der Vergabebekanntmachung genannten Vorschlag (4) die geltenden Vergabebedingungen, wie z. 5) jede Ankündigung oder andere NSF-Ausgabe, die durch Bezugnahme in die Vergabebekanntmachung aufgenommen werden kann. Kooperationsvereinbarungen werden auch in Übereinstimmung mit den Finanz- und Verwaltungsbedingungen der NSF-Kooperationsvereinbarung (CA-FATC) und den geltenden Programmatic Terms and Conditions verwaltet. NSF-Auszeichnungen werden von einem NSF-Beauftragten für Zuschüsse und Vereinbarungen elektronisch unterzeichnet und elektronisch per E-Mail an die Organisation übermittelt.

    *Diese Dokumente können elektronisch auf der NSF-Website unter https://www.nsf.gov/awards/managing/award_conditions.jsp?org=NSF abgerufen werden. Papierexemplare sind beim NSF Publications Clearinghouse, Telefon (703) 292-8134 oder per E-Mail unter [email protected] erhältlich.

    Ausführlichere Informationen zu den Bedingungen für NSF-Auszeichnungen und andere wichtige Informationen zur Verwaltung von NSF-Auszeichnungen finden Sie im NSF Richtlinien für Vorschläge und Zuschläge sowie Leitfaden für Verfahren (PAPPG) Kapitel VII, elektronisch verfügbar auf der NSF-Website unter https://www.nsf.gov/publications/pub_summ.jsp?ods_key=pappg.

    Besondere Prämienbedingungen:

    Die Stipendienvergabe erfolgt an die Person, nicht an die Institution und die Zahlungen erfolgen direkt an den Fellow. Die Prämien können ohne vorherige Zustimmung der NSF nicht verlängert werden. Kosten vor der Vergabe sind nicht zulässig.

    Durch die Annahme eines Stipendiums, das gemäß dieser Aufforderung vergeben wird, erklärt sich der Stipendiat damit einverstanden, die Richtlinien oder Verhaltenskodizes der angeschlossenen Institution einzuhalten. Der Stipendiat erklärt sich ferner damit einverstanden, das Büro für Vielfalt und Inklusion (ODI) der NSF zu benachrichtigen, wenn gemäß einer Beschwerde nach Bundes- oder Landesrecht oder den Richtlinien oder Verhaltenskodizes der Institution in Bezug auf sexuelle Belästigung, andere Formen der Belästigung oder sexuelle Übergriffe der der Stipendiat einem &bdquo.Verwaltungsurlaub/einer Verwaltungsmaßnahme&rdquo (wie unten definiert) unterliegt oder Gegenstand einer &ldquor Feststellung/Bestimmung&rdquo (wie unten definiert) ist. Wird die NSF nicht benachrichtigt, kann dies zur Beendigung des Stipendiums führen.

    &ldquoAdministrativer Urlaub/Verwaltungsmaßnahmen&rdquo ist definiert als jede vorübergehende/vorläufige Suspendierung oder dauerhafte Entfernung des Stipendiaten oder jede Verwaltungsmaßnahme, die dem Stipendiaten von der Institution gemäß den Richtlinien oder Verhaltenskodizes der Institution, bundesstaatlichen oder bundesstaatlichen Gesetzen, Verordnungen oder Durchführungsverordnungen auferlegt wird , in Bezug auf Aktivitäten, einschließlich, aber nicht beschränkt auf: Lehre, Beratung, Mentoring, Forschung, Management-/Verwaltungsaufgaben oder Präsenz auf dem Campus.

    &ldquoFeststellung/Bestimmung&rdquo ist definiert als die endgültige Entscheidung über eine Angelegenheit, die sexuelle Belästigung oder eine andere Form der Belästigung gemäß den Richtlinien und Verfahren der Institution beinhaltet, einschließlich der Erschöpfung der zulässigen Rechtsmittel des Stipendiaten oder einer Verurteilung einer Sexualstraftat vor einem Strafgericht des Gesetzes.

    C. Berichtspflichten

    Für alle mehrjährigen Stipendien (einschließlich Standard- und Dauerförderungen) muss der Principal Investigator dem zuständigen Programmbeauftragten spätestens 90 Tage vor Ablauf des aktuellen Budgetzeitraums einen jährlichen Projektbericht vorlegen. (Einige Programme oder Auszeichnungen erfordern die Einreichung häufigerer Projektberichte). Spätestens 120 Tage nach Ablauf eines Stipendiums muss der PI zudem einen Projektabschlussbericht und einen Projektergebnisbericht für die Öffentlichkeit vorlegen.

    Das Versäumnis, die erforderlichen jährlichen oder abschließenden Projektberichte oder den Projektergebnisbericht vorzulegen, verzögert die NSF-Überprüfung und -Bearbeitung zukünftiger Fördererhöhungen sowie aller ausstehenden Vorschläge für alle identifizierten PIs und Co-PIs für einen bestimmten Zuschlag. PIs sollten die Formate der erforderlichen Berichte im Voraus prüfen, um die Verfügbarkeit der erforderlichen Daten sicherzustellen.

    PIs müssen das elektronische Projektberichtssystem der NSF, das über Research.gov verfügbar ist, für die Vorbereitung und Einreichung von Jahres- und Abschlussberichten verwenden. Solche Berichte geben Auskunft über Leistungen, Projektbeteiligte (individuell und organisatorisch), Veröffentlichungen und andere spezifische Produkte und Wirkungen des Projekts. Die Übermittlung des Berichts über Research.gov stellt eine Bestätigung des PI dar, dass der Inhalt des Berichts richtig und vollständig ist. Der Projektergebnisbericht muss ebenfalls über Research.gov erstellt und eingereicht werden. Dieser Bericht dient als kurze, speziell für die Öffentlichkeit erstellte Zusammenfassung der Art und der Ergebnisse des Projekts. Dieser Bericht wird genau so auf der NSF-Website veröffentlicht, wie er vom PI eingereicht wurde.

    Ausführlichere Informationen zu den NSF-Meldepflichten und anderen wichtigen Informationen zur Verwaltung von NSF-Zuteilungen finden Sie im NSF Richtlinien für Vorschläge und Zuschläge sowie Leitfaden für Verfahren (PAPPG) Kapitel VII, elektronisch verfügbar auf der NSF-Website unter https://www.nsf.gov/publications/pub_summ.jsp?ods_key=pappg.

    Zusätzliche Meldepflichten:

    Die Antragsteller müssen zusätzlich zu den jährlichen und abschließenden technischen Berichten Start- und Beendigungsbescheinigungen einreichen.

    VIII. AGENTURKONTAKTE

    Bitte beachten Sie, dass die Kontaktdaten des Programms zum Zeitpunkt der Veröffentlichung aktuell sind. Aktuelle Informationen zu den Kontaktpunkten finden Sie auf der Programm-Website.

    Allgemeine Anfragen zu diesem Programm sind zu richten an:

    Daniel R. Marenda (Gebiete 1 & 2), Telefon: (703) 292-2157, E-Mail: [email protected]

    John Barthell (Gebiete 1 & 2), Telefon: (703) 292-2618, E-Mail: [email protected]

    Diane J. Okamuro (Gebiet 3), Telefon: (703) 292-8420, E-Mail: [email protected]

    Bei Fragen zur Nutzung von FastLane oder Research.gov wenden Sie sich an:

    FastLane und Research.gov Helpdesk: 1-800-673-6188

    Research.gov Helpdesk-E-Mail: [email protected]

    IX. ANDERE INFORMATIONEN

    Die NSF-Website bietet die umfassendste Informationsquelle über NSF-Direktionen (einschließlich Kontaktinformationen), Programme und Finanzierungsmöglichkeiten. Die Nutzung dieser Website durch potenzielle Antragsteller wird dringend empfohlen. Darüber hinaus ist "NSF Update" ein Informationsbereitstellungssystem, das potenzielle Antragsteller und andere interessierte Parteien über neue NSF-Finanzierungsmöglichkeiten und -Veröffentlichungen, wichtige Änderungen der Antrags- und Vergaberichtlinien und -verfahren sowie bevorstehende NSF-Grants-Konferenzen auf dem Laufenden hält. Abonnenten werden über E-Mail oder den Webbrowser des Benutzers jedes Mal informiert, wenn neue Veröffentlichungen herausgegeben werden, die ihren identifizierten Interessen entsprechen. "NSF Update" ist auch auf der NSF-Website verfügbar.

    Grants.gov bietet eine zusätzliche elektronische Funktion für die Suche nach bundesweiten Fördermöglichkeiten. Über diesen Mechanismus kann auf NSF-Fördermöglichkeiten zugegriffen werden. Weitere Informationen zu Grants.gov finden Sie unter https://www.grants.gov.

    ÜBER DIE NATIONAL SCIENCE FOUNDATION

    Die National Science Foundation (NSF) ist eine unabhängige Bundesbehörde, die durch den National Science Foundation Act von 1950 in der geänderten Fassung (42 USC 1861-75) geschaffen wurde. Das Gesetz besagt, dass der Zweck der NSF darin besteht, "den Fortschritt der Wissenschaft zu fördern [und] die nationale Gesundheit, den Wohlstand und das Wohlergehen durch die Unterstützung von Forschung und Bildung in allen Bereichen der Wissenschaft und Technik zu fördern".

    Die NSF finanziert Forschung und Bildung in den meisten Bereichen der Wissenschaft und Technik. Dies geschieht durch Zuschüsse und Kooperationsvereinbarungen an mehr als 2.000 Colleges, Universitäten, K-12-Schulsysteme, Unternehmen, informelle Wissenschaftsorganisationen und andere Forschungsorganisationen in den USA. Auf die Stiftung entfallen rund ein Viertel der Förderung des Bundes an wissenschaftliche Einrichtungen der Grundlagenforschung.

    Die NSF erhält jedes Jahr etwa 55.000 Vorschläge für Forschungs-, Bildungs- und Ausbildungsprojekte, von denen etwa 11.000 finanziert werden. Darüber hinaus gehen bei der Stiftung mehrere Tausend Bewerbungen für Graduierten- und Postdoc-Stipendien ein. Die Agentur betreibt selbst keine Labors, unterstützt jedoch nationale Forschungszentren, Nutzereinrichtungen, bestimmte ozeanographische Schiffe sowie Forschungsstationen in der Arktis und Antarktis. Die Stiftung unterstützt auch kooperative Forschung zwischen Universitäten und Industrie, die Beteiligung der USA an internationalen wissenschaftlichen und technischen Bemühungen sowie Bildungsaktivitäten auf allen akademischen Ebenen.

    Förderpreise für Wissenschaftler und Ingenieure mit Behinderungen (FASED) stellen Mittel für besondere Unterstützung oder Ausrüstung bereit, damit Menschen mit Behinderungen an NSF-unterstützten Projekten arbeiten können. Siehe die NSF-Vorschlags- und Vergaberichtlinien und Leitfaden für Verfahren Kapitel II.E.6 enthält Anweisungen zur Vorbereitung dieser Art von Vorschlägen.

    Die National Science Foundation verfügt über Telefongeräte für Gehörlose (TDD) und Federal Information Relay Service (FIRS), die es Personen mit Hörbehinderungen ermöglichen, mit der Stiftung über NSF-Programme, Beschäftigung oder allgemeine Informationen zu kommunizieren. Auf TDD kann unter (703) 292-5090 und (800) 281-8749 zugegriffen werden, FIRS unter (800) 877-8339.

    Das Informationszentrum der National Science Foundation ist unter (703) 292-5111 erreichbar.

    Die National Science Foundation fördert und fördert den wissenschaftlichen Fortschritt in den Vereinigten Staaten durch die wettbewerbsorientierte Vergabe von Stipendien und Kooperationsvereinbarungen für Forschung und Lehre in den Naturwissenschaften, Mathematik und Ingenieurwissenschaften.


    Hintergrund

    In den letzten zehn Jahren ist das Interesse an der Erforschung mikrobieller Gemeinschaften erneut gestiegen. Verschiedene Umgebungen können verschiedene Gemeinschaften beherbergen, die Hunderte bis Tausende von verschiedenen Mikroben enthalten [1, 2]. Ein zentrales Ziel der Gemeinschaftsökologie ist es, die ökologischen Prozesse zu verstehen, die diese vielfältigen Ökosysteme prägen. Die Vielfalt und Funktion von Ökosystemen wird durch eine Vielzahl von Faktoren beeinflusst, darunter die Energie- und Ressourcenverfügbarkeit [3, 4], ökologische Prozesse wie die Konkurrenz zwischen Arten [5–8] und die stochastische Besiedlung [9–12].

    Mikrobielle Ökosysteme stellen auch mehrere neue Herausforderungen, die spezifisch für Mikroben sind, die normalerweise in der theoretischen Ökologieliteratur nicht behandelt werden. Klassische Modelle der Gemeinschaftsökologie (insbesondere nischenbasierte Theorien) haben traditionell Ökosysteme mit wenigen Arten und Ressourcen berücksichtigt [13, 14]. Mikrobielle Ökosysteme haben jedoch oft Tausende von Arten und Hunderte von kleinen Molekülen, die verzehrt werden können. Es ist unklar, wie die Intuitionen und Ergebnisse aus diesen niedrigdimensionalen Einstellungen auf Mikrobiome skalieren. Es ist bekannt, dass verschiedene Ökosysteme unterschiedliche emergente Merkmale und Phasenübergänge aufweisen können, die in niedrigdimensionalen Systemen nicht zu finden sind [15–18]. Darüber hinaus gehen klassische ökologische Modelle normalerweise von einer strikten Trennung der trophischen Schichten aus und ignorieren Kreuzfütterung und Syntrophie – den Verzehr von Stoffwechselnebenprodukten einer Art durch eine andere Art. Es wird nun klar, dass die Kreuzfütterung ein zentraler Bestandteil mikrobieller Ökosysteme ist [19–22] und jedes ökologische Modell muss dieses Phänomen berücksichtigen.

    Aus diesen Gründen besteht ein Bedarf an neuen Wegen zum Verständnis mikrobieller Ökosysteme. Ein leistungsfähiger Ansatz zum Verständnis komplexer Systeme sind Simulationen. Die Simulation diverser mikrobieller Ökosysteme stellt jedoch einige einzigartige Herausforderungen. Erstens werden die meisten Ökosysteme mathematisch durch komplizierte gekoppelte, nichtlineare gewöhnliche Differentialgleichungen dargestellt. Die Simulation dieser Systeme in Ökosystemen mit Hunderten bis Tausenden von Arten und Metaboliten wird rechentechnisch schwierig und zeitaufwendig. Zweitens haben diese dynamischen Modelle Tausende von Parametern. Man braucht eine prinzipielle und biologisch realistische Art, solche Parameter zu wählen. Drittens erfordert die Erklärung realer Daten die Einbeziehung ökologischer Prozesse wie der stochastischen Kolonisation, die eine wichtige Rolle bei der Gestaltung der Gemeinschaftsstruktur und -dynamik spielen. Schließlich müssen wir in der Lage sein, räumliche und bevölkerungsbezogene Strukturen auf experimentell realistische Weise einzubeziehen.

    Kürzlich haben wir ein leistungsstarkes Minimalmodell mikrobieller Ökosysteme vorgestellt, das diese Bedenken adressiert [20, 22]. Darüber hinaus haben wir eine mathematische Abbildung zwischen ökologischer Dynamik und eingeschränkter Optimierung gefunden, die verwendet werden kann, um Simulationen vieler großer Ökosysteme zu beschleunigen [23, 24]. In diesem Artikel stellen wir ein neues Open-Source-Python-Paket für die mikrobielle Ökologie namens Community Simulator vor, das diese theoretischen Fortschritte implementiert und es einfach macht, komplexe mikrobielle Gemeinschaften in einer Vielzahl von experimentell relevanten Umgebungen zu simulieren.


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    [US] Postdoctoral Research Fellowships in Biology (bis 18.11.2020, Promotion erforderlich, ständiger Wohnsitz in den USA)

    Die Direktion für Biowissenschaften (BIO) vergibt Postdoctoral Research Fellowships in Biology (PRFB) an junge Promovierte für Forschung und Ausbildung in ausgewählt von BIO geförderten Bereichen und mit besonderen Zielen für die Personalentwicklung in der Biologie. Für Bewerbungen im Rahmen dieser Ausschreibung sind diese Bereiche (1) Ausweitung der Beteiligung von Gruppen, die in der Biologie unterrepräsentiert sind, (2) Integrative Research Investigation das Regeln des Lebens, die die Interaktionen zwischen Genomen, Umwelt und Phänotypen bestimmen, und (3) Pflanzengenom-Postdoktoranden-Forschungsstipendien.

    Die Stipendien fördern die Selbstständigkeit in einem frühen Stadium der wissenschaftlichen Laufbahn, damit die Fellows ihre Forschungs- und Ausbildungsziele an den am besten geeigneten Forschungsstandorten in Zusammenarbeit mit fördernden Wissenschaftlern verfolgen können. Es wird erwartet, dass die fördernden Wissenschaftler die Fellows aktiv betreuen und von der Zusammenarbeit mit diesen talentierten Nachwuchswissenschaftlern und deren Einbindung in ihre Forschungsgruppen profitieren. Der Forschungs- und Ausbildungsplan jedes Stipendiums muss wichtige wissenschaftliche Fragen im Rahmen der BIO und die spezifischen Richtlinien dieser Stipendienprogramm-Bewerbung aufgreifen. Da die Stipendien Postdoktorandinnen und Postdoktoranden nur zu Beginn ihrer Karriere angeboten werden, ermutigt die NSF Doktorandinnen und Doktoranden, die Verfügbarkeit dieser Postdoktorandenstipendien frühzeitig mit ihren Doktorandinnen und Doktoranden und potenziellen Postdoktorandenförderern zu besprechen, um diese Fördermöglichkeit zu nutzen. Fellowships sind Auszeichnungen an Einzelpersonen, nicht an Institutionen, und werden von den Fellows verwaltet.


    Inhalt

    Der Begriff "Metagenomik" wurde erstmals von Jo Handelsman, Jon Clardy, Robert M. Goodman, Sean F. Brady und anderen verwendet und erschien erstmals 1998. [5] Der Begriff Metagenom bezog sich auf die Idee, dass eine Sammlung von Genen aus der Umwelt sequenziert, könnte analog zur Untersuchung eines einzelnen Genoms analysiert werden. 2005 definierten Kevin Chen und Lior Pachter (Forscher an der University of California, Berkeley) die Metagenomik als „die Anwendung moderner Genomiktechniken ohne Isolierung und Laborkultivierung einzelner Arten“. [6]

    Die konventionelle Sequenzierung beginnt mit einer Kultur identischer Zellen als DNA-Quelle. Frühe metagenomische Studien haben jedoch gezeigt, dass es in vielen Umgebungen wahrscheinlich große Gruppen von Mikroorganismen gibt, die nicht kultiviert und daher nicht sequenziert werden können. Diese frühen Studien konzentrierten sich auf 16S-ribosomale RNA (rRNA)-Sequenzen, die relativ kurz sind, oft innerhalb einer Art konserviert und im Allgemeinen zwischen den Arten unterschiedlich sind.Es wurden viele 16S-rRNA-Sequenzen gefunden, die zu keiner bekannten kultivierten Spezies gehören, was darauf hindeutet, dass es zahlreiche nicht isolierte Organismen gibt. Diese Untersuchungen von direkt aus der Umwelt entnommenen ribosomalen RNA-Genen zeigten, dass kultivierungsbasierte Methoden weniger als 1% der Bakterien- und Archaeenarten in einer Probe finden. [2] Ein Großteil des Interesses an der Metagenomik beruht auf diesen Entdeckungen, die zeigten, dass die überwiegende Mehrheit der Mikroorganismen zuvor unbemerkt geblieben war.

    Frühe molekulare Arbeiten auf diesem Gebiet wurden von Norman R. Pace und Kollegen durchgeführt, die PCR verwendeten, um die Vielfalt ribosomaler RNA-Sequenzen zu erforschen. [7] Die Erkenntnisse aus diesen bahnbrechenden Studien führten Pace bereits 1985 dazu, die Idee des Klonens von DNA direkt aus Umweltproben vorzuschlagen. [8] Dies führte zum ersten Bericht über die Isolierung und Klonierung von Massen-DNA aus einer Umweltprobe, veröffentlicht von Pace und Kollegen im Jahr 1991 [9], während Pace in der Abteilung für Biologie der Indiana University war. Erhebliche Anstrengungen stellten sicher, dass es sich nicht um falsche PCR-Falsch-Positive handelte und unterstützten die Existenz einer komplexen Gemeinschaft unerforschter Arten. Obwohl diese Methodik auf die Erforschung hochkonservierter, nicht-proteinkodierender Gene beschränkt war, unterstützte sie frühe auf der mikrobiellen Morphologie basierende Beobachtungen, dass die Diversität weitaus komplexer war, als dies durch Kultivierungsmethoden bekannt war. Bald darauf berichtete Healy über die metagenomische Isolierung funktioneller Gene aus "Zoobibliotheken", die aus einer komplexen Kultur von Umweltorganismen konstruiert wurden, die 1995 im Labor auf getrockneten Gräsern gezüchtet wurden hat Arbeiten veröffentlicht, die weitgehend die Grundlage für Umweltphylogenien auf der Grundlage von 16S-Signatursequenzen gelegt haben, beginnend mit dem Aufbau von Bibliotheken seiner Gruppe aus Meeresproben. [11]

    Im Jahr 2002 haben Mya Breitbart, Forest Rohwer und Kollegen mithilfe von Umwelt-Schrotflinten-Sequenzierungen (siehe unten) gezeigt, dass 200 Liter Meerwasser über 5000 verschiedene Viren enthalten. [12] Spätere Studien zeigten, dass es mehr als tausend Virusarten im menschlichen Stuhl und möglicherweise eine Million verschiedene Viren pro Kilogramm Meeressediment gibt, darunter viele Bakteriophagen. Im Wesentlichen waren alle Viren in diesen Studien neue Arten. Im Jahr 2004 sequenzierten Gene Tyson, Jill Banfield und Kollegen von der University of California, Berkeley und dem Joint Genome Institute DNA, die aus einem sauren Minenabflusssystem extrahiert wurde. [13] Diese Bemühungen führten zu vollständigen oder fast vollständigen Genomen für eine Handvoll Bakterien und Archaeen, die sich zuvor Versuchen, sie zu kultivieren, widersetzt hatten. [14]

    Seit 2003 leitet Craig Venter, Leiter des privat finanzierten Parallelprojekts Human Genome Project, die Global Ocean Sampling Expedition (GOS), um die Welt zu umrunden und während der gesamten Reise metagenomische Proben zu sammeln. Alle diese Proben werden mittels Shotgun-Sequenzierung sequenziert, in der Hoffnung, neue Genome (und damit neue Organismen) zu identifizieren. Das Pilotprojekt, das in der Sargassosee durchgeführt wurde, fand DNA von fast 2000 verschiedenen Arten, darunter 148 noch nie zuvor gesehene Bakterienarten. [15] Venter hat den Globus umrundet und die Westküste der Vereinigten Staaten gründlich erkundet und eine zweijährige Expedition abgeschlossen, um die Ostsee, das Mittelmeer und das Schwarze Meer zu erkunden. Die Analyse der während dieser Reise gesammelten metagenomischen Daten ergab zwei Gruppen von Organismen, eine bestehend aus Taxa, die an die Umweltbedingungen von "Fest oder Hungersnot" angepasst sind, und eine zweite bestehend aus relativ weniger, aber reichlicher und weit verbreiteter Taxa, die hauptsächlich aus Plankton bestehen. [16]

    2005 veröffentlichten Stephan C. Schuster von der Penn State University und Kollegen die ersten Sequenzen einer Umweltprobe, die mit Hochdurchsatz-Sequenzierung, in diesem Fall massiv paralleler Pyrosequenzierung von 454 Life Sciences, generiert wurde. [17] Eine weitere frühe Veröffentlichung auf diesem Gebiet erschien 2006 von Robert Edwards, Forest Rohwer und Kollegen an der San Diego State University. [18]

    Die Gewinnung von DNA-Sequenzen, die länger als einige Tausend Basenpaare aus Umweltproben sind, war sehr schwierig, bis jüngste Fortschritte in molekularbiologischen Techniken den Aufbau von Bibliotheken in bakteriellen künstlichen Chromosomen (BACs) ermöglichten, die bessere Vektoren für das molekulare Klonen lieferten. [20]

    Schrotflinten-Metagenomik Bearbeiten

    Fortschritte in der Bioinformatik, Verfeinerungen der DNA-Amplifikation und die Verbreitung von Rechenleistung haben die Analyse von DNA-Sequenzen, die aus Umweltproben gewonnen wurden, erheblich unterstützt und die Anpassung der Shotgun-Sequenzierung an metagenomische Proben (auch als Whole-Metagenome-Shotgun- oder WMGS-Sequenzierung bekannt) ermöglicht. Der Ansatz, der verwendet wird, um viele kultivierte Mikroorganismen und das menschliche Genom zu sequenzieren, schert zufällig DNA, sequenziert viele kurze Sequenzen und rekonstruiert sie zu einer Konsensussequenz. Shotgun-Sequenzierung deckt Gene auf, die in Umweltproben vorhanden sind. Historisch wurden Klonbibliotheken verwendet, um diese Sequenzierung zu erleichtern. Mit den Fortschritten bei den Hochdurchsatz-Sequenzierungstechnologien ist der Klonierungsschritt jedoch nicht mehr erforderlich, und ohne diesen arbeitsintensiven Engpassschritt können größere Ausbeuten an Sequenzierungsdaten erzielt werden. Die Shotgun-Metagenomik gibt Aufschluss darüber, welche Organismen vorhanden sind und welche Stoffwechselprozesse in der Gemeinschaft möglich sind. [21] Da die DNA-Sammlung aus einer Umwelt weitgehend unkontrolliert ist, sind die am häufigsten vorkommenden Organismen in einer Umweltprobe in den resultierenden Sequenzdaten am stärksten vertreten. Um die hohe Abdeckung zu erreichen, die erforderlich ist, um die Genome von unterrepräsentierten Gemeindemitgliedern vollständig aufzulösen, werden große Proben benötigt, die oft unerschwinglich sind. Andererseits stellt die zufällige Natur der Shotgun-Sequenzierung sicher, dass viele dieser Organismen, die ansonsten mit traditionellen Kultivierungstechniken unbemerkt bleiben würden, zumindest durch einige kleine Sequenzsegmente repräsentiert werden. [13]

    Hochdurchsatz-Sequenzierung Bearbeiten

    Ein Vorteil der Hochdurchsatz-Sequenzierung besteht darin, dass diese Technik das Klonen der DNA vor der Sequenzierung nicht erfordert, wodurch einer der Hauptfehler und Engpässe bei der Umweltprobenahme beseitigt wird. Die ersten metagenomischen Studien, die mit Hochdurchsatz-Sequenzierung durchgeführt wurden, verwendeten massiv parallele 454-Pyrosequenzierung. [17] Drei weitere Technologien, die häufig bei Umweltproben verwendet werden, sind die Ion Torrent Personal Genome Machine, die Illumina MiSeq oder HiSeq und das Applied Biosystems SOLiD-System. [22] Diese Techniken zur DNA-Sequenzierung erzeugen kürzere Fragmente als die Sanger-Sequenzierung Ion Torrent PGM System und 454 Pyrosequenzierung typischerweise produziert

    400 bp-Reads, Illumina MiSeq produziert 400-700 bp-Reads (je nachdem, ob Paired-End-Optionen verwendet werden) und SOLiD erzeugt 25-75 bp-Reads. [23] Historisch gesehen waren diese Leselängen deutlich kürzer als die typische Sanger-Sequenzierungsleselänge von

    750 bp, jedoch nähert sich die Illumina-Technologie diesem Benchmark schnell. Diese Einschränkung wird jedoch durch die viel größere Anzahl von Sequenzlesevorgängen ausgeglichen. Im Jahr 2009 erzeugen pyrosequenzierte Metagenome 200–500 Megabasen und Illumina-Plattformen etwa 20–50 Gibasen, aber diese Leistungen sind in den letzten Jahren um Größenordnungen gestiegen. [24]

    Ein neuer Ansatz kombiniert Shotgun-Sequenzierung und Chromosomenkonformationserfassung (Hi-C), die die Nähe zweier beliebiger DNA-Sequenzen innerhalb derselben Zelle misst, um den mikrobiellen Genomaufbau zu steuern. [25] Long-Read-Sequenzierungstechnologien, einschließlich PacBio RSII und PacBio Sequel von Pacific Biosciences, und Nanopore MinION, GridION, PromethION von Oxford Nanopore Technologies, sind eine weitere Wahl, um Long-Shotgun-Sequenzierungs-Reads zu erhalten, die den Zusammenbauprozess vereinfachen sollten. [26]

    Die durch Metagenomik-Experimente generierten Daten sind sowohl enorm als auch von Natur aus verrauscht und enthalten fragmentierte Daten, die bis zu 10.000 Arten repräsentieren. [1] Die Sequenzierung des Rinderpansen-Metagenoms erzeugte 279 Giabasen oder 279 Milliarden Basenpaare an Nukleotidsequenzdaten, [28] während der Genkatalog des menschlichen Darmmikrobioms 3,3 Millionen Gene identifizierte, die aus 567,7 Gigabasen von Sequenzdaten zusammengesetzt wurden. [29] Das Sammeln, Kuratieren und Extrahieren nützlicher biologischer Informationen aus Datensätzen dieser Größe stellt Forscher vor erhebliche Rechenherausforderungen. [21] [30] [31] [32]

    Sequenzvorfilterung Bearbeiten

    Der erste Schritt der metagenomischen Datenanalyse erfordert die Durchführung bestimmter Vorfilterungsschritte, einschließlich der Entfernung redundanter Sequenzen von geringer Qualität und Sequenzen wahrscheinlichen eukaryotischen Ursprungs (insbesondere in Metagenomen menschlichen Ursprungs). [33] [34] Zu den verfügbaren Methoden zur Entfernung kontaminierender eukaryotischer genomischer DNA-Sequenzen gehören Eu-Detect und DeConseq. [35] [36]

    Baugruppe bearbeiten

    DNA-Sequenzdaten aus genomischen und metagenomischen Projekten sind im Wesentlichen gleich, aber genomische Sequenzdaten bieten eine höhere Abdeckung, während metagenomische Daten normalerweise in hohem Maße nicht redundant sind. [31] Darüber hinaus bedeutet die zunehmende Verwendung von Sequenzierungstechnologien der zweiten Generation mit kurzen Leselängen, dass viele zukünftige metagenomische Daten fehleranfällig sein werden. Zusammengenommen machen diese Faktoren den Zusammenbau von metagenomischen Sequenz-Reads zu Genomen schwierig und unzuverlässig. Fehlassemblierungen werden durch das Vorhandensein repetitiver DNA-Sequenzen verursacht, die den Zusammenbau aufgrund der unterschiedlichen relativen Häufigkeit der in der Probe vorhandenen Spezies besonders schwierig machen. [37] Fehlanordnungen können auch die Kombination von Sequenzen von mehr als einer Spezies zu chimären Contigs beinhalten. [37]

    Es gibt mehrere Assemblerprogramme, von denen die meisten Informationen von Paired-End-Tags verwenden können, um die Genauigkeit von Assemblies zu verbessern. Einige Programme wie Phrap oder Celera Assembler wurden entwickelt, um einzelne Genome zusammenzusetzen, liefern aber dennoch gute Ergebnisse beim Zusammensetzen metagenomischer Datensätze. [1] Andere Programme, wie Velvet Assembler, wurden für die kürzeren Reads optimiert, die durch die Sequenzierung der zweiten Generation durch die Verwendung von de Bruijn-Graphen erzeugt werden. [38] [39] Die Verwendung von Referenzgenomen ermöglicht es den Forschern, den Zusammenbau der am häufigsten vorkommenden mikrobiellen Spezies zu verbessern, aber dieser Ansatz wird durch die kleine Untergruppe der mikrobiellen Stämme begrenzt, für die sequenzierte Genome verfügbar sind. [37] Nachdem eine Baugruppe erstellt wurde, ist eine zusätzliche Herausforderung die „metagenomische Dekonvolution“ oder die Bestimmung, welche Sequenzen von welcher Spezies in der Probe stammen. [40]

    Genvorhersage Bearbeiten

    Metagenomische Analysepipelines verwenden zwei Ansätze bei der Annotation von Codierungsregionen in den zusammengesetzten Contigs. [37] Der erste Ansatz besteht darin, Gene auf der Grundlage von Homologie mit Genen zu identifizieren, die bereits in Sequenzdatenbanken öffentlich verfügbar sind, normalerweise durch BLAST-Suchen. Dieser Ansatz wird im Programm MEGAN4 implementiert. [41] Die zweite, von Anfang an, verwendet intrinsische Merkmale der Sequenz, um kodierende Regionen basierend auf Gentrainingssätzen von verwandten Organismen vorherzusagen. Diesen Ansatz verfolgen Programme wie GeneMark [42] und GLIMMER. Der Hauptvorteil von von Anfang an Vorhersage ist, dass es den Nachweis von kodierenden Regionen ermöglicht, denen Homologe in den Sequenzdatenbanken fehlen, es ist jedoch am genauesten, wenn große Regionen zusammenhängender genomischer DNA zum Vergleich zur Verfügung stehen. [1]

    Artenvielfalt Bearbeiten

    Gen-Annotationen liefern das „Was“, während Messungen der Artenvielfalt das „Wer“ liefern. [43] Um die Zusammensetzung und Funktion von Gemeinschaften in Metagenomen zu verbinden, müssen Sequenzen in Bins unterteilt werden. Binning ist der Vorgang, bei dem eine bestimmte Sequenz einem Organismus zugeordnet wird. [37] Beim ähnlichkeitsbasierten Binning werden Methoden wie BLAST verwendet, um schnell nach phylogenetischen Markern oder anderen ähnlichen Sequenzen in bestehenden öffentlichen Datenbanken zu suchen. Dieser Ansatz ist in MEGAN implementiert. [44] Ein weiteres Tool, PhymmBL, verwendet interpolierte Markov-Modelle, um Lesevorgänge zuzuweisen. [1] MetaPhlAn und AMPHORA sind Methoden, die auf einzigartigen kladespezifischen Markern zur Schätzung der relativen Häufigkeit von Organismen mit verbesserter Rechenleistung basieren. [45] Andere Werkzeuge wie mOTUs [46] [47] und MetaPhyler [48] verwenden universelle Markergene, um prokaryontische Spezies zu profilieren. Mit dem mOTUs-Profiler ist es möglich, Arten ohne Referenzgenom zu profilieren, was die Einschätzung der mikrobiellen Lebensgemeinschaften verbessert. [47] Neuere Methoden wie SLIMM nutzen die Read Coverage-Landschaft einzelner Referenzgenome, um falsch-positive Treffer zu minimieren und zuverlässige relative Häufigkeiten zu erhalten. [49] Beim zusammensetzungsbasierten Binning verwenden Methoden intrinsische Merkmale der Sequenz, wie Oligonukleotid-Häufigkeiten oder Codon-Usage-Bias. [1] Sobald die Sequenzen in Bins unterteilt sind, ist es möglich, eine vergleichende Analyse von Diversität und Reichtum durchzuführen.

    Datenintegration Bearbeiten

    Die enorme Menge an exponentiell wachsenden Sequenzdaten ist eine gewaltige Herausforderung, die durch die Komplexität der Metadaten, die mit metagenomischen Projekten verbunden sind, noch komplizierter wird. Metadaten umfassen detaillierte Informationen über die dreidimensionale (einschließlich Tiefe oder Höhe) Geographie und Umweltmerkmale der Probe, physische Daten über den Probenort und die Methodik der Probenahme. [31] Diese Informationen sind sowohl für die Gewährleistung der Replizierbarkeit als auch für die nachgelagerte Analyse erforderlich. Aufgrund ihrer Bedeutung erfordern Metadaten und kollaborative Datenprüfung und -pflege standardisierte Datenformate, die sich in spezialisierten Datenbanken wie der Genomes OnLine Database (GOLD) befinden. [50]

    Es wurden mehrere Werkzeuge entwickelt, um Metadaten und Sequenzdaten zu integrieren, die nachgelagerte vergleichende Analysen verschiedener Datensätze unter Verwendung einer Reihe von ökologischen Indizes ermöglichen. 2007 veröffentlichten Folker Meyer und Robert Edwards und ein Team des Argonne National Laboratory und der University of Chicago den Metagenomics Rapid Annotation using Subsystem Technology Server (MG-RAST), eine Community-Ressource für die Metagenom-Datensatzanalyse. [51] Bis Juni 2012 wurden über 14,8 Terabasen (14x10 12 Basen) von DNA analysiert, wobei mehr als 10.000 öffentliche Datensätze zum Vergleich innerhalb von MG-RAST frei verfügbar sind. Über 8.000 Anwender haben inzwischen insgesamt 50.000 Metagenome an MG-RAST übermittelt. Das Integrated Microbial Genomes/Metagenomes (IMG/M)-System bietet auch eine Sammlung von Werkzeugen für die funktionelle Analyse mikrobieller Gemeinschaften basierend auf ihrer Metagenomsequenz, basierend auf Referenzisolatgenomen aus dem Integrated Microbial Genomes (IMG)-System und der Genomic Encyclopedia of Projekt Bakterien und Archaeen (GEBA). [52]

    Eines der ersten eigenständigen Tools zur Analyse von Hochdurchsatz-Metagenom-Schrotflintendaten war MEGAN (MEta Genome ANalyzer). [41] [44] Eine erste Version des Programms wurde 2005 verwendet, um den metagenomischen Kontext von DNA-Sequenzen zu analysieren, die aus einem Mammutknochen gewonnen wurden. [17] Basierend auf einem BLAST-Vergleich mit einer Referenzdatenbank führt dieses Tool sowohl taxonomisches als auch funktionales Binning durch, indem es die Reads auf die Nodes der NCBI-Taxonomie mit einem einfachen Algorithmus des niedrigsten gemeinsamen Vorfahren (LCA) oder auf die Nodes des SEED platziert bzw. KEGG-Klassifizierungen. [53]

    Mit dem Aufkommen schneller und kostengünstiger Sequenzierungsinstrumente ist das Wachstum von Datenbanken mit DNA-Sequenzen jetzt exponentiell (z. B. die NCBI GenBank-Datenbank [54] ). Schnellere und effizientere Tools werden benötigt, um mit der Hochdurchsatz-Sequenzierung Schritt zu halten, da die BLAST-basierten Ansätze wie MG-RAST oder MEGAN langsam laufen, um große Proben zu kommentieren (z. B. mehrere Stunden, um einen kleinen/mittleren Datensatz/eine Probe zu verarbeiten [55] ). So sind in letzter Zeit dank erschwinglicherer, leistungsstarker Server ultraschnelle Klassifikatoren entstanden. Diese Werkzeuge können die taxonomische Annotation mit extrem hoher Geschwindigkeit durchführen, zum Beispiel CLARK [56] (laut den Autoren von CLARK kann es "32 Millionen metagenomische kurze Lesevorgänge pro Minute" genau klassifizieren). Bei einer solchen Geschwindigkeit kann ein sehr großer Datensatz/eine sehr große Stichprobe von einer Milliarde kurzer Lesevorgänge in etwa 30 Minuten verarbeitet werden.

    Mit der zunehmenden Verfügbarkeit von Proben, die alte DNA enthalten, und aufgrund der Unsicherheit, die mit der Art dieser Proben verbunden ist (Antiker DNA-Schäden), [57] wurde ein schnelles Werkzeug zur Verfügung gestellt, das in der Lage ist, konservative Ähnlichkeitsschätzungen zu erstellen. Laut den Autoren von FALCON kann es gelockerte Schwellenwerte verwenden und Entfernungen bearbeiten, ohne die Speicher- und Geschwindigkeitsleistung zu beeinträchtigen.

    Vergleichende Metagenomik Bearbeiten

    Vergleichende Analysen zwischen Metagenomen können zusätzliche Einblicke in die Funktion komplexer mikrobieller Gemeinschaften und ihre Rolle für die Gesundheit des Wirts geben. [58] Paarweise oder mehrfache Vergleiche zwischen Metagenomen können auf der Ebene der Sequenzzusammensetzung (Vergleich von GC-Gehalt oder Genomgröße), taxonomischer Diversität oder funktionellem Komplement durchgeführt werden. Vergleiche von Populationsstruktur und phylogenetischer Diversität können auf Basis von 16S und anderen phylogenetischen Markergenen oder – im Fall von Gemeinschaften mit geringer Diversität – durch Genomrekonstruktion aus dem metagenomischen Datensatz erfolgen. [59] Funktionelle Vergleiche zwischen Metagenomen können angestellt werden, indem Sequenzen mit Referenzdatenbanken wie COG oder KEGG verglichen und die Häufigkeit nach Kategorien tabelliert und etwaige Unterschiede auf statistische Signifikanz bewertet werden. [53] Dieser genzentrische Ansatz betont die funktionelle Ergänzung der Gemeinschaft als Ganzes statt taxonomischer Gruppen und zeigt, dass die funktionellen Komplemente unter ähnlichen Umweltbedingungen analog sind. [59] Daher sind Metadaten zum Umweltkontext der metagenomischen Probe bei vergleichenden Analysen besonders wichtig, da sie Forschern die Möglichkeit bieten, die Auswirkungen von Habitaten auf die Struktur und Funktion von Gemeinschaften zu untersuchen. [1]

    Darüber hinaus haben mehrere Studien auch Verwendungsmuster von Oligonukleotiden verwendet, um die Unterschiede zwischen verschiedenen mikrobiellen Gemeinschaften zu identifizieren. Beispiele solcher Methodiken umfassen den Ansatz der relativen Häufigkeit von Dinukleotiden von Willner et al. [60] und der HabiSign-Ansatz von Ghosh et al. [61] Diese letztgenannte Studie zeigte auch, dass Unterschiede in den Verwendungsmustern von Tetranukleotiden verwendet werden können, um Gene (oder metagenomische Reads) zu identifizieren, die aus bestimmten Habitaten stammen. Außerdem erkennen einige Methoden wie TriageTools [62] oder Compareads [63] ähnliche Lesevorgänge zwischen zwei Lesesätzen. Das Ähnlichkeitsmaß, das sie bei Lesevorgängen anwenden, basiert auf einer Reihe von identischen Wörtern der Länge k von Lesepaaren geteilt.

    Ein wesentliches Ziel der vergleichenden Metagenomik ist die Identifizierung von mikrobiellen Gruppen, die dafür verantwortlich sind, einer gegebenen Umgebung spezifische Eigenschaften zu verleihen. Aufgrund von Problemen in den Sequenzierungstechnologien müssen Artefakte jedoch berücksichtigt werden, wie in MetagenomeSeq. [30] Andere haben intermikrobielle Wechselwirkungen zwischen den ansässigen mikrobiellen Gruppen charakterisiert. Eine GUI-basierte vergleichende metagenomische Analyseanwendung namens Community-Analyzer wurde von Kuntal et al. [64], das einen korrelationsbasierten Graph-Layout-Algorithmus implementiert, der nicht nur eine schnelle Visualisierung der Unterschiede in den analysierten mikrobiellen Gemeinschaften (in Bezug auf ihre taxonomische Zusammensetzung) ermöglicht, sondern auch Einblicke in die darin vorkommenden intermikrobiellen Wechselwirkungen liefert. Bemerkenswerterweise ermöglicht dieser Layoutalgorithmus auch die Gruppierung der Metagenome basierend auf den wahrscheinlichen intermikrobiellen Interaktionsmustern, anstatt einfach die Häufigkeitswerte verschiedener taxonomischer Gruppen zu vergleichen. Darüber hinaus implementiert das Tool mehrere interaktive GUI-basierte Funktionalitäten, die es Benutzern ermöglichen, standardmäßige Vergleichsanalysen über Mikrobiome hinweg durchzuführen.

    Gemeinschaftsmetabolismus Bearbeiten

    In vielen natürlichen oder künstlichen Bakteriengemeinschaften (wie Bioreaktoren) gibt es eine erhebliche Arbeitsteilung im Stoffwechsel (Syntrophie), bei der die Abfallprodukte einiger Organismen Stoffwechselprodukte für andere sind. [65] In einem solchen System, dem methanogenen Bioreaktor, erfordert die funktionelle Stabilität die Anwesenheit mehrerer syntropher Spezies (Syntrophobacterales und Synergistia), die zusammenarbeiten, um Rohstoffe in vollständig metabolisierten Abfall (Methan) umzuwandeln. [66] Durch vergleichende Genstudien und Expressionsexperimente mit Microarrays oder Proteomik können Forscher ein metabolisches Netzwerk aufbauen, das über die Artengrenzen hinausgeht. Solche Studien erfordern detailliertes Wissen darüber, welche Versionen welcher Proteine ​​von welcher Spezies und sogar von welchen Stämmen welcher Spezies kodiert werden. Daher sind Genominformationen aus der Gemeinschaft ein weiteres grundlegendes Werkzeug (mit Metabolomik und Proteomik) bei der Suche nach der Übertragung und Umwandlung von Metaboliten durch eine Gemeinschaft. [67]

    Metatranskriptomik Bearbeiten

    Die Metagenomik ermöglicht Forschern einen Zugang zur funktionellen und metabolischen Vielfalt mikrobieller Gemeinschaften, kann aber nicht zeigen, welche dieser Prozesse aktiv sind. [59] Die Extraktion und Analyse von metagenomischer mRNA (der Metatranskriptom) informiert über die Regulations- und Expressionsprofile komplexer Gemeinschaften. Aufgrund der technischen Schwierigkeiten (z. B. der kurzen Halbwertszeit von mRNA) bei der Gewinnung von Umwelt-RNA gab es relativ wenige vor Ort Metatranskriptomische Studien mikrobieller Gemeinschaften bis heute. [59] Während Metatranskriptomik-Studien ursprünglich auf die Mikroarray-Technologie beschränkt waren, nutzten sie Transkriptomik-Technologien, um die Expression des gesamten Genoms und die Quantifizierung einer mikrobiellen Gemeinschaft zu messen, [59] die zuerst bei der Analyse der Ammoniakoxidation in Böden eingesetzt wurden. [68]

    Viren Bearbeiten

    Die metagenomische Sequenzierung ist besonders nützlich bei der Untersuchung viraler Gemeinschaften. Da Viren keinen gemeinsamen universellen phylogenetischen Marker haben (wie 16S RNA für Bakterien und Archaeen und 18S RNA für Eukarya), ist der einzige Weg, um auf die genetische Vielfalt der Virusgemeinschaft aus einer Umweltprobe zuzugreifen, die Metagenomik. Virale Metagenome (auch Virome genannt) sollen daher immer mehr Informationen über die virale Diversität und Evolution liefern. [69] [70] [71] [72] [73] Beispielsweise zeigte eine metagenomische Pipeline namens Giant Virus Finder den ersten Beweis für die Existenz von Riesenviren in einer Salzwüste [74] und in antarktischen Trockentälern. [75]

    Die Metagenomik hat das Potenzial, Wissen in einer Vielzahl von Bereichen voranzutreiben. Es kann auch angewendet werden, um praktische Herausforderungen in Medizin, Ingenieurwesen, Landwirtschaft, Nachhaltigkeit und Ökologie zu lösen. [31] [76]

    Landwirtschaft Bearbeiten

    Die Böden, in denen Pflanzen wachsen, werden von mikrobiellen Gemeinschaften bewohnt, wobei ein Gramm Boden etwa 10 9 –10 10 mikrobielle Zellen enthält, die etwa eine Gigabase an Sequenzinformationen umfassen. [77] [78] Die mikrobiellen Gemeinschaften, die Böden bewohnen, gehören zu den komplexesten, die der Wissenschaft bekannt sind, und bleiben trotz ihrer wirtschaftlichen Bedeutung kaum verstanden. [79] Mikrobielle Konsortien erfüllen eine Vielzahl von Ökosystemleistungen, die für das Pflanzenwachstum notwendig sind, einschließlich der Fixierung von atmosphärischem Stickstoff, des Nährstoffkreislaufs, der Unterdrückung von Krankheiten und der Bindung von Eisen und anderen Metallen. [80] Strategien der funktionalen Metagenomik werden verwendet, um die Wechselwirkungen zwischen Pflanzen und Mikroben durch kultivierungsunabhängige Untersuchungen dieser mikrobiellen Gemeinschaften zu untersuchen. [81] [82] Indem sie Einblicke in die Rolle von zuvor nicht kultivierten oder seltenen Gemeindemitgliedern beim Nährstoffkreislauf und der Förderung des Pflanzenwachstums ermöglichen, können metagenomische Ansätze zu einer verbesserten Erkennung von Krankheiten bei Nutzpflanzen und Nutztieren und zur Anpassung verbesserter landwirtschaftlicher Praktiken beitragen, die eine Verbesserung der Pflanzengesundheit durch die Nutzung der Beziehung zwischen Mikroben und Pflanzen. [31]

    Biokraftstoff Bearbeiten

    Biokraftstoffe sind Kraftstoffe, die aus der Umwandlung von Biomasse gewonnen werden, wie bei der Umwandlung von Zellulose, die in Maisstängeln, Rutenhirse und anderer Biomasse enthalten ist, in Zellulose-Ethanol. [31] Dieser Prozess hängt von mikrobiellen Konsortien (Assoziationen) ab, die die Cellulose in Zucker umwandeln, gefolgt von der Fermentation der Zucker zu Ethanol. Mikroben produzieren auch eine Vielzahl von Bioenergiequellen, darunter Methan und Wasserstoff. [31]

    Der effiziente Abbau von Biomasse im industriellen Maßstab erfordert neuartige Enzyme mit höherer Produktivität und geringeren Kosten. [28] Metagenomische Ansätze zur Analyse komplexer mikrobieller Gemeinschaften ermöglichen das gezielte Screening von Enzymen mit industriellen Anwendungen in der Biokraftstoffproduktion, wie z. B. Glycosidhydrolasen. [83] Darüber hinaus ist das Wissen über die Funktionsweise dieser mikrobiellen Gemeinschaften erforderlich, um sie zu kontrollieren, und die Metagenomik ist ein Schlüsselinstrument zu ihrem Verständnis. Metagenomische Ansätze ermöglichen vergleichende Analysen zwischen konvergenten mikrobiellen Systemen wie Biogasfermentern [84] oder Insektenfressern wie dem Pilzgarten der Blattschneiderameisen. [85]

    Biotechnologie Bearbeiten

    Mikrobielle Gemeinschaften produzieren eine Vielzahl biologisch aktiver Chemikalien, die im Wettbewerb und in der Kommunikation verwendet werden. [80] Viele der heute verwendeten Medikamente wurden ursprünglich in Mikroben entdeckt. Jüngste Fortschritte beim Abbau der reichen genetischen Ressource nicht kultivierbarer Mikroben haben zur Entdeckung neuer Gene, Enzyme und Naturstoffe geführt. [59] [86] Die Anwendung der Metagenomik hat die Entwicklung von Grund- und Feinchemikalien, Agrochemikalien und Pharmazeutika ermöglicht, bei denen der Nutzen der enzymkatalysierten chiralen Synthese zunehmend anerkannt wird. [87]

    Bei der Bioprospektion metagenomischer Daten werden zwei Arten von Analysen verwendet: funktionsgesteuertes Screening auf ein exprimiertes Merkmal und sequenzgesteuertes Screening auf interessierende DNA-Sequenzen. [88] Die funktionsgesteuerte Analyse versucht Klone zu identifizieren, die ein gewünschtes Merkmal oder eine nützliche Aktivität exprimieren, gefolgt von einer biochemischen Charakterisierung und Sequenzanalyse. Dieser Ansatz wird durch die Verfügbarkeit eines geeigneten Screens und das Erfordernis, dass das gewünschte Merkmal in der Wirtszelle exprimiert wird, eingeschränkt. Darüber hinaus schränken die geringe Entdeckungsrate (weniger als einer pro 1.000 gescreenten Klonen) und sein arbeitsintensiver Charakter diesen Ansatz weiter ein. [89] Im Gegensatz dazu verwendet die sequenzgesteuerte Analyse konservierte DNA-Sequenzen, um PCR-Primer zu entwerfen, um Klone auf die interessierende Sequenz zu durchmustern. [88] Im Vergleich zu klonierungsbasierten Ansätzen reduziert die Verwendung eines Nur-Sequenz-Ansatzes den erforderlichen Laboraufwand weiter. Die Anwendung der massiv parallelen Sequenzierung erhöht auch die Menge der generierten Sequenzdaten erheblich, die bioinformatische Analysepipelines mit hohem Durchsatz erfordern. [89] Der sequenzgesteuerte Ansatz zum Screening ist durch die Breite und Genauigkeit der Genfunktionen in öffentlichen Sequenzdatenbanken begrenzt. In der Praxis verwenden Experimente eine Kombination von sowohl funktionellen als auch sequenzbasierten Ansätzen basierend auf der interessierenden Funktion, der Komplexität der zu screenenden Probe und anderen Faktoren. [89] [90] Ein Beispiel für den Erfolg der Metagenomik als Biotechnologie für die Wirkstoffforschung wird mit den Malacidin-Antibiotika veranschaulicht. [91]

    Ökologie Bearbeiten

    Die Metagenomik kann wertvolle Einblicke in die funktionale Ökologie von Umweltgemeinschaften liefern. [92] Die metagenomische Analyse der Bakterienkonsortien, die in den Defäkationen australischer Seelöwen gefunden wurden, legt nahe, dass nährstoffreicher Seelöwenkot eine wichtige Nährstoffquelle für Küstenökosysteme sein könnte. Denn die gleichzeitig mit dem Stuhlgang ausgeschiedenen Bakterien sind in der Lage, die Nährstoffe im Kot in eine bioverfügbare Form abzubauen, die in die Nahrungskette aufgenommen werden kann. [93]

    DNA-Sequenzierung kann auch allgemeiner verwendet werden, um in einem Gewässer vorhandene Arten, [94] aus der Luft gefilterte Trümmer, Schmutzproben oder sogar Tierkot zu identifizieren. [95] Dies kann das Spektrum invasiver Arten und gefährdeter Arten bestimmen und saisonale Populationen verfolgen.

    Umweltsanierung Bearbeiten

    Metagenomik kann Strategien zur Überwachung der Auswirkungen von Schadstoffen auf Ökosysteme und zur Säuberung kontaminierter Umgebungen verbessern. Ein besseres Verständnis darüber, wie mikrobielle Gemeinschaften mit Schadstoffen umgehen, verbessert die Bewertung des Potenzials kontaminierter Standorte, sich von der Verschmutzung zu erholen, und erhöht die Erfolgschancen von Bioaugmentations- oder Biostimulationsversuchen. [96]

    Charakterisierung von Darmmikroben Bearbeiten

    Mikrobielle Gemeinschaften spielen eine Schlüsselrolle bei der Erhaltung der menschlichen Gesundheit, aber ihre Zusammensetzung und der Mechanismus, durch den sie dies tun, bleiben mysteriös. [97] Metagenomische Sequenzierung wird verwendet, um die mikrobiellen Gemeinschaften von 15–18 Körperstellen von mindestens 250 Individuen zu charakterisieren. Dies ist Teil der Human Microbiome Initiative mit den primären Zielen, festzustellen, ob es ein menschliches Kernmikrobiom gibt, die Veränderungen im menschlichen Mikrobiom zu verstehen, die mit der menschlichen Gesundheit korreliert werden können, und neue technologische und bioinformatische Werkzeuge zu entwickeln, um diese Ziele zu unterstützen. [98]

    Eine weitere medizinische Studie im Rahmen des MetaHit-Projekts (Metagenomics of the Human Intestinal Tract) umfasste 124 Personen aus Dänemark und Spanien, darunter gesunde, übergewichtige und reizbare Patienten. Die Studie versuchte, die Tiefe und phylogenetische Vielfalt von Magen-Darm-Bakterien zu kategorisieren. Mithilfe von Illumina GA-Sequenzdaten und SOAPdenovo, einem graphbasierten Tool von de Bruijn, das speziell für Assembly-Short-Reads entwickelt wurde, konnten sie 6,58 Millionen Contigs mit mehr als 500 bp für eine Gesamt-Contig-Länge von 10,3 Gb und eine N50-Länge von 2,2 kb generieren.

    Die Studie zeigte, dass zwei bakterielle Divisionen, Bacteroidetes und Firmicutes, über 90% der bekannten phylogenetischen Kategorien ausmachen, die distale Darmbakterien dominieren. Anhand der relativen Genfrequenzen im Darm identifizierten diese Forscher 1.244 metagenomische Cluster, die für die Gesundheit des Darmtrakts von entscheidender Bedeutung sind. In diesen Bereichsclustern gibt es zwei Arten von Funktionen: die Haushaltsführung und die für den Darm spezifischen Funktionen. Die Housekeeping-Gencluster werden in allen Bakterien benötigt und sind oft Hauptakteure in den wichtigsten Stoffwechselwegen, einschließlich des zentralen Kohlenstoffmetabolismus und der Aminosäuresynthese. Zu den darmspezifischen Funktionen gehören die Adhäsion an Wirtsproteine ​​und die Gewinnung von Zuckern aus Glykolipiden der Globoserie. Es wurde gezeigt, dass Patienten mit Reizdarmsyndrom 25 % weniger Gene und eine geringere bakterielle Diversität aufweisen als Personen, die nicht an Reizdarmsyndrom leiden, was darauf hindeutet, dass Veränderungen in der Diversität des Darmbioms der Patienten mit dieser Erkrankung verbunden sein können.

    Während diese Studien einige potenziell wertvolle medizinische Anwendungen hervorheben, konnten nur 31–48,8 % der Reads auf 194 öffentliche Bakteriengenome des menschlichen Darms und 7,6–21,2 % auf in der GenBank verfügbare Bakteriengenome ausgerichtet werden, was darauf hindeutet, dass noch viel mehr Forschung erforderlich ist, um fangen neuartige Bakteriengenome ein. [99]

    Im Human Microbiome Project (HMP) wurden mikrobielle Gemeinschaften im Darm mittels Hochdurchsatz-DNA-Sequenzierung untersucht. HMP zeigte, dass im Gegensatz zu einzelnen mikrobiellen Spezies viele Stoffwechselprozesse in allen Körperhabitaten mit unterschiedlicher Häufigkeit vorhanden waren. Im Rahmen des Human-Mikrobiom-Projekts wurden mikrobielle Gemeinschaften von 649 Metagenomen aus sieben primären Körperstellen von 102 Individuen untersucht. Die metagenomische Analyse zeigte Variationen in der nischenspezifischen Häufigkeit zwischen 168 funktionellen Modulen und 196 Stoffwechselwegen innerhalb des Mikrobioms. Dazu gehörten der Abbau von Glykosaminoglykanen im Darm sowie der Phosphat- und Aminosäuretransport, der mit dem Wirtsphänotyp (vaginaler pH-Wert) in der hinteren Fornix verbunden ist. Das HMP hat den Nutzen der Metagenomik in der Diagnostik und der evidenzbasierten Medizin aufgezeigt. Somit ist die Metagenomik ein wirksames Instrument, um viele der dringendsten Probleme im Bereich der Personalisierten Medizin anzugehen. [100]

    Diagnose von Infektionskrankheiten Bearbeiten

    Die Unterscheidung zwischen infektiösen und nicht infektiösen Erkrankungen und die Identifizierung der zugrunde liegenden Ätiologie der Infektion können eine große Herausforderung darstellen. So bleibt beispielsweise mehr als die Hälfte der Enzephalitis-Fälle trotz umfassender Tests mit modernsten klinischen Labormethoden nicht diagnostiziert. Die metagenomische Sequenzierung ist vielversprechend als eine empfindliche und schnelle Methode zur Diagnose von Infektionen durch den Vergleich von genetischem Material, das in einer Patientenprobe gefunden wurde, mit Datenbanken aller bekannten mikroskopischen menschlichen Krankheitserreger und Tausenden anderer bakterieller, viraler, pilzlicher und parasitärer Organismen sowie Datenbanken zu Gensequenzen für antimikrobielle Resistenzen mit assoziierten klinischen Phänotypen.

    1. ^ einBCDeFg Wooley JC, Godzik A, Friedberg I (Februar 2010). Bourne PE (Hrsg.). „Eine Einführung in die Metagenomik“. PLOS Computerbiologie. 6 (2): e1000667. Bibcode:2010PLSCB. 6E0667W. doi:10.1371/journal.pcbi.1000667. PMC2829047 . PMID20195499.
    2. ^ einB
    3. Hugenholtz P, Goebel BM, Pace NR (September 1998). „Auswirkungen kulturunabhängiger Studien auf die aufkommende phylogenetische Sicht der bakteriellen Vielfalt“. Zeitschrift für Bakteriologie. 180 (18): 4765–74. doi:10.1128/JB.180.18.4765-4774.1998. PMC107498 . PMID9733676.
    4. ^
    5. Marco, D, Hrsg. (2011). Metagenomics: Aktuelle Innovationen und zukünftige Trends. Caister Academic Press. ISBN978-1-904455-87-5 .
    6. ^
    7. Eisen JA (März 2007). „Environmental Shotgun Sequencing: sein Potenzial und seine Herausforderungen für das Studium der verborgenen Welt der Mikroben“. PLOS Biologie. 5 (3): e82. doi:10.1371/journal.pbio.0050082. PMC1821061 . PMID17355177.
    8. ^
    9. Handelsman J, Rondon MR, Brady SF, Clardy J, Goodman RM (Oktober 1998). „Molekularbiologischer Zugang zur Chemie unbekannter Bodenmikroben: eine neue Grenze für Naturstoffe“. Chemie und Biologie. 5 (10): R245-9. doi: 10.1016/S1074-5521(98)90108-9 . PMID9818143. .
    10. ^
    11. Chen K, Pachter L (Juli 2005). „Bioinformatik für die vollständige Genom-Shotgun-Sequenzierung von mikrobiellen Gemeinschaften“. PLOS Computerbiologie. 1 (2): 106–12. Bibcode:2005PLSCB. 1. 24C. doi:10.1371/journal.pcbi.0010024. PMC1185649 . PMID16110337.
    12. ^
    13. Lane DJ, Pace B, Olsen GJ, Stahl DA, Sogin ML, Pace NR (Oktober 1985). „Schnelle Bestimmung von 16S ribosomalen RNA-Sequenzen für phylogenetische Analysen“. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 82 (20): 6955–9. Bibcode:1985PNAS. 82.6955L. doi:10.1073/pnas.82.20.6955. PMC391288 . PMID2413450.
    14. ^
    15. Pace NR, Stahl DA, Lane DJ, Olsen GJ (1986). „Die Analyse natürlicher mikrobieller Populationen durch ribosomale RNA-Sequenzen“. In Marshall KC (Hrsg.). Fortschritte in der mikrobiellen Ökologie. 9. Springer USA. S. 1–55. doi:10.1007/978-1-4757-0611-6_1. ISBN978-1-4757-0611-6 .
    16. ^
    17. Schmidt TM, DeLong EF, Pace NR (Juli 1991). „Analyse einer marinen Picoplankton-Gemeinschaft durch Klonen und Sequenzieren von 16S rRNA-Genen“. Zeitschrift für Bakteriologie. 173 (14): 4371-8. doi:10.1128/jb.173.14.4371-4378.1991. PMC208098 . PMID2066334.
    18. ^
    19. Healy FG, Ray RM, Aldrich HC, Wilkie AC, Ingram LO, Shanmugam KT (1995). „Direkte Isolierung funktioneller Gene, die Cellulasen kodieren, aus den mikrobiellen Konsortien in einem thermophilen, anaeroben Verdauer, der auf Lignocellulose gehalten wird“. Angewandte Mikrobiologie und Biotechnologie. 43 (4): 667–74. doi:10.1007/BF00164771. PMID7546604. S2CID31384119.
    20. ^
    21. Stein JL, Marsh TL, Wu KY, Shizuya H, DeLong EF (Februar 1996). „Charakterisierung von unkultivierten Prokaryoten: Isolierung und Analyse eines 40-Kilobasen-Paar-Genomfragments aus einem planktonischen Meeresarchaeon“. Zeitschrift für Bakteriologie. 178 (3): 591–9. doi:10.1128/jb.178.3.591-599.1996. PMC177699 . PMID8550487.
    22. ^
    23. Breitbart M., Salamon P., Andresen B., Mahaffy JM, Segall AM, Mead D, et al. (Oktober 2002). „Genomische Analyse von unkultivierten marinen Virusgemeinschaften“. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 99 (22): 14250–5. Bibcode:2002PNAS. 9914250B. doi:10.1073/pnas.202488399. PMC137870 . PMID12384570.
    24. ^ einB
    25. Tyson GW, Chapman J, Hugenholtz P, Allen EE, Ram RJ, Richardson PM, et al. (März 2004). „Gemeinschaftsstruktur und Stoffwechsel durch Rekonstruktion mikrobieller Genome aus der Umwelt“. Natur. 428 (6978): 37–43. Bibcode:2004Natur.428. 37T. doi:10.1038/natur02340. PMID14961025. S2CID4420754. (Abonnement erforderlich)
    26. ^
    27. Hugenholtz P (2002). „Erforschung der prokaryotischen Vielfalt in der genomischen Ära“. Genombiologie. 3 (2): REVIEWS0003. doi:10.1186/gb-2002-3-2reviews0003. PMC139013 . PMID11864374.
    28. ^
    29. JC Venter, K. Remington, JF Heidelberg, AL Halpern, D. Rusch, JA Eisen et al. (April 2004). „Umweltgenom-Shotgun-Sequenzierung der Sargassosee“. Wissenschaft. 304 (5667): 66–74. Bibcode:2004Sci. 304. 66V. CiteSeerX10.1.1.124.1840 . doi:10.1126/science.1093857. PMID15001713. S2CID1454587.
    30. ^
    31. Yooseph S., Nealson KH, Rusch DB, McCrow JP, Dupont CL, Kim M, et al. (November 2010). „Genomische und funktionelle Anpassung in planktonischen Prokaryonten der Ozeanoberfläche“. Natur. 468 (7320): 60–6. Bibcode:2010Natur.468. 60J.doi: 10.1038/natur09530 . PMID21048761. (Abonnement erforderlich)
    32. ^ einBC
    33. Poinar HN, Schwarz C, Qi J, Shapiro B, Macphee RD, Buigues B, et al. (Januar 2006). „Metagenomik bis Paläogenomik: Sequenzierung von Mammut-DNA im großen Maßstab“. Wissenschaft. 311 (5759): 392–4. Bibcode:2006Sci. 311..392P. doi:10.1126/science.1123360. PMID16368896. S2CID11238470.
    34. ^
    35. Edwards RA, Rodriguez-Brito B, Wegley L, Haynes M, Breitbart M, Peterson DM, et al. (März 2006). „Mit Pyrosequenzierung Licht auf die mikrobielle Ökologie von tiefen Minen zu werfen“. BMC Genomics. 7: 57. doi:10.1186/1471-2164-7-57. PMC1483832 . PMID16549033.
    36. ^
    37. Thomas T, Gilbert J, Meyer F (Februar 2012). "Metagenomics - ein Leitfaden von der Probenahme bis zur Datenanalyse". Mikrobielle Informatik und Experimente. 2 (1): 3. doi:10.1186/2042-5783-2-3. PMC3351745 . PMID22587947.
    38. ^
    39. Béjà O, Suzuki MT, Koonin EV, Aravind L, Hadd A, Nguyen LP, et al. (Oktober 2000). „Konstruktion und Analyse von bakteriellen künstlichen Chromosomenbibliotheken aus einer marinen mikrobiellen Ansammlung“. Umweltmikrobiologie. 2 (5): 516–29. doi:10.1046/j.1462-2920.2000.00133.x. PMID11233160. S2CID8267748.
    40. ^ einB
    41. Segata N, Boernigen D, Tickle TL, Morgan XC, Garrett WS, Huttenhower C (Mai 2013). „Computational Meta'omics für mikrobielle Gemeinschaftsstudien“. Molekulare Systembiologie. 9 (666): 666. doi:10.1038/msb.2013.22. PMC4039370 . PMID23670539.
    42. ^
    43. Rodrigue S, Materna AC, Timberlake SC, Blackburn MC, Malmstrom RR, Alm EJ, Chisholm SW (Juli 2010). Gilbert JA (Hrsg.). „Entsperren von kurzen Lesesequenzen für die Metagenomik“. PLUS EINS. 5 (7): e11840. Bibcode:2010PLoSO. 511840R. doi:10.1371/journal.pone.0011840. PMC2911387 . PMID20676378.
    44. ^
    45. Schuster SC (Januar 2008). "Sequenzierung der nächsten Generation verändert die Biologie von heute". Naturmethoden. 5 (1): 16–8. doi:10.1038/nmeth1156. PMID18165802. S2CID1465786.
    46. ^
    47. „Metagenomik gegen Moores Gesetz“. Naturmethoden. 6 (9): 623. 2009. doi: 10.1038/nmeth0909-623 .
    48. ^
    49. Stewart RD, Auffret MD, Warr A, Wiser AH, Press MO, Langford KW, et al. (Februar 2018). „Assembly von 913 mikrobiellen Genomen aus der metagenomischen Sequenzierung des Kuhpansens“. Naturkommunikation. 9 (1): 870. Bibcode:2018NatCo. 9..870S. doi:10.1038/s41467-018-03317-6. PMC5830445 . PMID29491419.
    50. ^
    51. Hiraoka S, Yang CC, Iwasaki W (September 2016). „Metagenomik und Bioinformatik in der mikrobiellen Ökologie: Aktueller Stand und darüber hinaus“. Mikroben und Umgebungen. 31 (3): 204–12. doi:10.1264/jsme2.ME16024. PMC5017796 . PMID27383682.
    52. ^
    53. Pérez-Cobas AE, Gomez-Valero L, Buchrieser C (2020). "Metagenomische Ansätze in der mikrobiellen Ökologie: ein Update zu Gesamtgenom- und Markergen-Sequenzierungsanalysen". Mikrobielle Genomik. 6 (8). doi: 10.1099/mgen.0.000409 . PMC7641418 . PMID32706331.
    54. ^ einB
    55. Hess M., Sczyrba A, Egan R, Kim TW, Chokhawala H, Schroth G, et al. (Januar 2011). „Metagenomische Entdeckung von Biomasse abbauenden Genen und Genomen aus Kuhpansen“. Wissenschaft. 331 (6016): 463–7. Bibcode:2011Sci. 331..463H. doi:10.1126/science.1200387. PMID21273488. S2CID36572885.
    56. ^
    57. J. Qin, R. Li, J. Raes, M. Arumugam, KS Burgdorf, C. Manichanh et al. (März 2010). „Ein mikrobieller Genkatalog des menschlichen Darms, der durch metagenomische Sequenzierung erstellt wurde“. Natur. 464 (7285): 59–65. Bibcode:2010Natur.464. 59.. doi:10.1038/natur08821. PMC3779803 . PMID20203603. (Abonnement erforderlich)
    58. ^ einB
    59. Paulson JN, Stine OC, Bravo HC, Pop M (Dezember 2013). „Differenzielle Häufigkeitsanalyse für mikrobielle Marker-Gen-Erhebungen“. Naturmethoden. 10 (12): 1200–2. doi:10.1038/nmeth.2658. PMC4010126 . PMID24076764.
    60. ^ einBCDeFg
    61. Ausschuss für Metagenomik: Herausforderungen und funktionale Anwendungen, Nationaler Forschungsrat (2007). Die neue Wissenschaft der Metagenomik: Die Geheimnisse unseres mikrobiellen Planeten enthüllen. Washington, D.C.: The National Academies Press. doi:10.17226/11902. ISBN978-0-309-10676-4 . PMID21678629.
    62. ^
    63. Oulas A, Pavloudi C, Polymenakou P, Pavlopoulos GA, Papanikolaou N, Kotoulas G, et al. (2015). „Metagenomik: Werkzeuge und Erkenntnisse zur Analyse von Sequenzierungsdaten der nächsten Generation, die aus Biodiversitätsstudien abgeleitet wurden“. Einblicke in Bioinformatik und Biologie. 9: 75–88. doi:10.4137/BBI.S12462. PMC4426941 . PMID25983555.
    64. ^
    65. Mende DR, Waller AS, Sunagawa S, Järvelin AI, Chan MM, Arumugam M, et al. (23. Februar 2012). „Bewertung der metagenomischen Montage mit simulierten Sequenzierungsdaten der nächsten Generation“. PLUS EINS. 7 (2): e31386. Bibcode:2012PLoSO. 731386M. doi:10.1371/journal.pone.0031386. PMC3285633 . PMID22384016.
    66. ^
    67. Balzer S, Malde K, Grohme MA, Jonassen I (April 2013). "Filtern von doppelten Lesevorgängen aus 454 Pyrosequenzierungsdaten". Bioinformatik. 29 (7): 830–6. doi:10.1093/bioinformatics/btt047. PMC3605598 . PMID23376350.
    68. ^
    69. Mohammed MH, Chadaram S, Komanduri D, Ghosh TS, Mande SS (September 2011). „Eu-Detect: ein Algorithmus zum Nachweis eukaryotischer Sequenzen in metagenomischen Datensätzen“. Zeitschrift für Biowissenschaften. 36 (4): 709–17. doi:10.1007/s12038-011-9105-2. PMID21857117. S2CID25857874.
    70. ^
    71. Schmieder R, Edwards R (März 2011). „Schnelle Identifizierung und Entfernung von Sequenzkontaminationen aus genomischen und metagenomischen Datensätzen“. PLUS EINS. 6 (3): e17288. Bibcode:2011PLoSO. 617288S. doi:10.1371/journal.pone.0017288. PMC3052304 . PMID21408061.
    72. ^ einBCDe
    73. Kunin V, Copeland A, Lapidus A, Mavromatis K, Hugenholtz P (Dezember 2008). „Ein Leitfaden für Bioinformatiker zur Metagenomik“. Mikrobiologie und Molekularbiologie Bewertungen. 72 (4): 557–78, Inhaltsverzeichnis. doi:10.1128/MMBR.00009-08. PMC2593568 . PMID19052320.
    74. ^
    75. Namiki T, Hachiya T, Tanaka H, ​​Sakakibara Y (November 2012). „MetaVelvet: eine Erweiterung des Velvet-Assemblers zur De-novo-Metagenom-Assemblierung aus kurzen Sequenzlesevorgängen“. Nukleinsäureforschung. 40 (20): e155. doi:10.1093/nar/gks678. PMC3488206 . PMID22821567.
    76. ^
    77. Zerbino DR, Birney E (Mai 2008). „Samt: Algorithmen für de novo Short-Read-Assembly mit de Bruijn-Graphen“. Genomforschung. 18 (5): 821–9. doi:10.1101/gr.074492.107. PMC2336801 . PMID18349386.
    78. ^
    79. Burton JN, Liachko I, Dunham MJ, Shendure J (Mai 2014). „Entfaltung auf Speziesebene von Metagenom-Assemblies mit Hi-C-basierten Kontaktwahrscheinlichkeitskarten“. G3. 4 (7): 1339–46. doi:10.1534/g3.114.011825. PMC4455782 . PMID24855317.
    80. ^ einB
    81. Huson DH, Mitra S, Ruscheweyh HJ, Weber N, Schuster SC (September 2011). „Integrative Analyse von Umweltsequenzen mit MEGAN4“. Genomforschung. 21 (9): 1552–60. doi:10.1101/gr.120618.111. PMC3166839 . PMID21690186.
    82. ^
    83. Zhu W, Lomsadze A, Borodovsky M (Juli 2010). „Ab-initio-Genidentifizierung in metagenomischen Sequenzen“. Nukleinsäureforschung. 38 (12): e132. doi:10.1093/nar/gkq275. PMC2896542 . PMID20403810.
    84. ^
    85. Konopka A (November 2009). "Was ist mikrobielle Gemeinschaftsökologie?". Das ISME-Journal. 3 (11): 1223–30. doi: 10.1038/ismej.2009.88 . PMID19657372.
    86. ^ einB
    87. Huson DH, Auch AF, Qi J, Schuster SC (März 2007). „MEGAN-Analyse von metagenomischen Daten“. Genomforschung. 17 (3): 377–86. doi:10.1101/gr.5969107. PMC1800929 . PMID17255551.
    88. ^
    89. Segata N, Waldron L, Ballarini A, Narasimhan V, Jousson O, Huttenhower C (Juni 2012). „Metagenomische mikrobielle Gemeinschaft Profiling mit einzigartigen Klade-spezifischen Markergenen“. Naturmethoden. 9 (8): 811-4. doi:10.1038/nmeth.2066. PMC3443552 . PMID22688413.
    90. ^
    91. Sunagawa S., Mende DR, Zeller G, Izquierdo-Carrasco F, Berger SA, Kultima JR, et al. (Dezember 2013). „Metagenomic Spezies Profiling mit universellen phylogenetischen Markergenen“. Naturmethoden. 10 (12): 1196–9. doi:10.1038/nmeth.2693. PMID24141494. S2CID7728395.
    92. ^ einB
    93. Milanese A, Mende DR, Paoli L, Salazar G, Ruscheweyh HJ, Cuenca M, et al. (März 2019). „Mikrobielle Abundanz, Aktivität und Populationsgenomisches Profiling mit mOTUs2“. Naturkommunikation. 10 (1): 1014. Bibcode:2019NatCo..10.1014M. doi:10.1038/s41467-019-08844-4. PMC6399450 . PMID30833550.
    94. ^
    95. Liu B, Gibbons T, Ghodsi M, Treangen T, Pop M (2011). „Genaue und schnelle Schätzung taxonomischer Profile aus metagenomischen Shotgun-Sequenzen“. BMC Genomics. 12 Ergänzung 2: S4. doi:10.1186/1471-2164-12-S2-S4. PMC3194235 . PMID21989143.
    96. ^
    97. Dadi TH, Renard BY, Wieler LH, Semmler T, Reinert K (2017). "SLIMM: Identifizierung von Mikroorganismen aus Metagenomen auf Speziesebene". PeerJ. 5: e3138. doi:10.7717/peerj.3138. PMC5372838 . PMID28367376.
    98. ^
    99. I. Pagani, K. Liolios, J. Jansson, IM. Chen, T. Smirnova, B. Nosrat et al. (Januar 2012). "The Genomes OnLine Database (GOLD) v.4: Status genomischer und metagenomischer Projekte und der dazugehörigen Metadaten". Nukleinsäureforschung. 40 (Datenbankproblem): D571-9. doi:10.1093/nar/gkr1100. PMC3245063 . PMID22135293.
    100. ^
    101. Meyer F, Paarmann D, D'Souza M, Olson R, Glass EM, Kubal M, et al. (September 2008). "Der Metagenomik-RAST-Server - eine öffentliche Ressource für die automatische phylogenetische und funktionelle Analyse von Metagenomen". BMC Bioinformatik. 9: 386. doi:10.1186/1471-2105-9-386. PMC2563014 . PMID18803844.
    102. ^
    103. VM Markowitz, IM Chen, K. Chu, E. Szeto, K. Palaniappan, Y. Grechkin et al. (Januar 2012). "IMG/M: das integrierte Metagenom-Datenmanagement- und vergleichende Analysesystem". Nukleinsäureforschung. 40 (Datenbankproblem): D123-9. doi:10.1093/nar/gkr975. PMC3245048 . PMID22086953.
    104. ^ einB
    105. Mitra S, Rupek P, Richter DC, Urich T, Gilbert JA, Meyer F, et al. (Februar 2011). „Funktionsanalyse von Metagenomen und Metatranskriptomen mit SEED und KEGG“. BMC Bioinformatik. 12 Ergänzung 1: S21. doi:10.1186/1471-2105-12-S1-S21. PMC3044276 . PMID21342551.
    106. ^
    107. Benson DA, Cavanaugh M, Clark K, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ, Ostell J, Sayers EW (Januar 2013). "GenBank". Nukleinsäureforschung. 41 (Datenbankproblem): D36-42. doi:10.1093/nar/gks1195. PMC3531190 . PMID23193287.
    108. ^
    109. Bazinet AL, Cummings MP (Mai 2012). „Eine vergleichende Bewertung von Sequenzklassifizierungsprogrammen“. BMC Bioinformatik. 13: 92. doi:10.1186/1471-2105-13-92. PMC3428669 . PMID22574964.
    110. ^
    111. Ounit R, Wanamaker S, Close TJ, Lonardi S (März 2015). „CLARK: schnelle und genaue Klassifizierung von metagenomischen und genomischen Sequenzen mit diskriminativen k-meren“. BMC Genomics. 16: 236. doi:10.1186/s12864-015-1419-2. PMC4428112 . PMID25879410.
    112. ^
    113. Pratas D, Pinho AJ, Silva RM, Rodrigues JM, Hosseini M, Caetano T, Ferreira PJ (Februar 2018). „FALCON: eine Methode, um die metagenomische Zusammensetzung der alten DNA abzuleiten“. bioRxiv10.1101/267179 .
    114. ^
    115. K. Kurokawa, T. Itoh, T. Kuwahara, K. Oshima, H. Toh, A. Toyoda et al. (August 2007). "Vergleichende Metagenomik ergab häufig angereicherte Gensätze im menschlichen Darmmikrobiom". DNA-Forschung. 14 (4): 169–81. doi:10.1093/dnares/dsm018. PMC2533590 . PMID17916580.
    116. ^ einBCDeF
    117. Simon C, Daniel R (Februar 2011). „Metagenomische Analysen: vergangene und zukünftige Trends“. Angewandte und Umweltmikrobiologie. 77 (4): 1153–61. doi:10.1128/AEM.02345-10. PMC3067235 . PMID21169428.
    118. ^
    119. Willner D, Thurber RV, Rohwer F (Juli 2009). „Metagenomische Signaturen von 86 mikrobiellen und viralen Metagenomen“. Umweltmikrobiologie. 11 (7): 1752–66. doi:10.1111/j.1462-2920.2009.01901.x. PMID19302541.
    120. ^
    121. Ghosh TS, Mohammed MH, Rajasingh H, Chadaram S, Mande SS (2011). „HabiSign: ein neuer Ansatz für den Vergleich von Metagenomen und die schnelle Identifizierung von lebensraumspezifischen Sequenzen“. BMC Bioinformatik. 12 Beilage 13 (Beilage 13): S9. doi:10.1186/1471-2105-12-s13-s9. PMC3278849 . PMID22373355.
    122. ^
    123. Fimereli D, Umwege V, Konopka T (April 2013). "TriageTools: Tools zur Partitionierung und Priorisierung der Analyse von Hochdurchsatz-Sequenzierungsdaten". Nukleinsäureforschung. 41 (7): e86. doi:10.1093/nar/gkt094. PMC3627586 . PMID23408855.
    124. ^
    125. Maillet N, Lemaitre C, Chikhi R, Lavenier D, Peterlongo P (2012). „Compareads: Vergleich riesiger metagenomischer Experimente“. BMC Bioinformatik. 13 Ergänzung 19 (Ergänzung 19): S10. doi:10.1186/1471-2105-13-S19-S10. PMC3526429 . PMID23282463.
    126. ^
    127. Kuntal BK, Ghosh TS, Mande SS (Oktober 2013). "Community-Analyzer: eine Plattform zur Visualisierung und zum Vergleich der mikrobiellen Gemeinschaftsstruktur über Mikrobiome". Genomik. 102 (4): 409–18. doi: 10.1016/j.ygeno.2013.08.004 . PMID23978768.
    128. ^
    129. Werner J., Knights D., Garcia ML, Scalfone NB, Smith S., Yarasheski K, et al. (März 2011). "Bakteriengemeinschaftsstrukturen sind in Bioenergiesystemen im großen Maßstab einzigartig und widerstandsfähig". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 108 (10): 4158–63. Bibcode:2011PNAS..108.4158W. doi:10.1073/pnas.1015676108. PMC3053989 . PMID21368115.
    130. ^
    131. McInerney MJ, Sieber JR, Gunsalus RP (Dezember 2009). „Syntrophie in anaeroben globalen Kohlenstoffkreisläufen“. Aktuelle Meinung in der Biotechnologie. 20 (6): 623–32. doi:10.1016/j.copbio.2009.10.001. PMC2790021 . PMID19897353.
    132. ^
    133. Klitgord N, Segrè D (August 2011). „Ökosystembiologie des mikrobiellen Stoffwechsels“. Aktuelle Meinung in der Biotechnologie. 22 (4): 541–6. doi:10.1016/j.copbio.2011.04.018. PMID21592777.
    134. ^
    135. S. Leininger, T. Urich, M. Schloter, L. Schwark, J. Qi, GW Nicol et al. (August 2006). „Archaea dominieren unter Ammoniak-oxidierenden Prokaryoten in Böden“. Natur. 442 (7104): 806–9. Bibcode:2006Natur.442..806L. doi:10.1038/natur04983. PMID16915287. S2CID4380804.
    136. ^
    137. Paez-Espino D, Eloe-Fadrosh EA, Pavlopoulos GA, Thomas AD, Huntemann M, Mikhailova N, et al. (August 2016). "Das Virom der Erde aufdecken". Natur. 536 (7617): 425–30. Bibcode:2016Natur.536..425P. doi:10.1038/natur19094. PMID27533034. S2CID4466854.
    138. ^
    139. Paez-Espino D, Chen IA, Palaniappan K, Ratner A, Chu K, Szeto E, et al. (Januar 2017). „IMG/VR: eine Datenbank von kultivierten und unkultivierten DNA-Viren und Retroviren“. Nukleinsäureforschung. 45 (D1): D457–D465. doi:10.1093/nar/gkw1030. PMC5210529 . PMID27799466.
    140. ^
    141. D. Paez-Espino, S. Roux, IA Chen, K. Palaniappan, A. Ratner, K. Chu et al. (Januar 2019). "IMG/VR v.2.0: ein integriertes Datenmanagement- und Analysesystem für kultivierte und umweltbedingte virale Genome". Nukleinsäureforschung. 47 (D1): D678–D686. doi:10.1093/nar/gky1127. PMC6323928 . PMID30407573.
    142. ^
    143. Paez-Espino D, Pavlopoulos GA, Ivanova NN, Kyrpides NC (August 2017). "Nontargeted Virus Sequence Discovery Pipeline and Virus Clustering for metagenomic data" (PDF) . Naturprotokolle. 12 (8): 1673–1682. doi:10.1038/nprot.2017.063. PMID28749930. S2CID2127494.
    144. ^
    145. Kristensen DM, Mushegian AR, Dolja VV, Koonin EV (Januar 2010). „Neue Dimensionen der Viruswelt durch Metagenomik entdeckt“. Trends in der Mikrobiologie. 18 (1): 11–9. doi:10.1016/j.tim.2009.11.003. PMC3293453 . PMID19942437.
    146. ^
    147. Kerepesi C, Grolmusz V (März 2016). „Riesenviren der Kutch-Wüste“. Archiv der Virologie. 161 (3): 721–4. arXiv: 1410.1278 . doi:10.1007/s00705-015-2720-8. PMID26666442. S2CID13145926.
    148. ^
    149. Kerepesi C, Grolmusz V (Juni 2017). „Der „Giant Virus Finder“ entdeckt eine Fülle von Riesenviren in den antarktischen Trockentälern“. Archiv der Virologie. 162 (6): 1671-1676. arXiv: 1503.05575 . doi:10.1007/s00705-017-3286-4. PMID28247094. S2CID1925728.
    150. ^
    151. Copeland CS (September–Oktober 2017). "Die Welt in uns" (PDF) . Gesundheitsjournal von New Orleans: 21–26.
    152. ^
    153. Jansson J (2011). "Auf dem Weg zu "Tera-Terra": Terabase-Sequenzierung terrestrischer Metagenome E-Mail drucken". Mikrobe. 6 (7). P. 309. Archiviert vom Original am 31. März 2012.
    154. ^
    155. Vogel TM, Simonet P, Jansson JK, Hirsch PR, Tiedje JM, Van Elsas JD, Bailey MJ, Nalin R, Philippot L (2009). „TerraGenome: Ein Konsortium zur Sequenzierung eines Bodenmetagenoms“. Natur Bewertungen Mikrobiologie. 7 (4): 252. doi: 10.1038/nrmicro2119 .
    156. ^
    157. "TerraGenome-Homepage". Internationales Sequenzierungskonsortium TerraGenome . Abgerufen am 30. Dezember 2011 .
    158. ^ einB
    159. Ausschuss für Metagenomik: Herausforderungen und funktionale Anwendungen, Nationaler Forschungsrat (2007). Unseren mikrobiellen Planeten verstehen: Die neue Wissenschaft der Metagenomik (PDF) . Die National Academies Press.
    160. ^
    161. Karl T. (2010). „Das Potenzial für die Untersuchung von Pflanzen-Mikroben-Interaktionen mit Metagenomik-Methoden“. Metagenomik: Theorie, Methoden und Anwendungen. Caister Academic Press. ISBN978-1-904455-54-7 .
    162. ^
    163. Bringel F, Couée I (22. Mai 2015). „Schlüsselrollen von Phyllosphären-Mikroorganismen an der Schnittstelle zwischen Pflanzenfunktion und atmosphärischer Spurengasdynamik“. Grenzen in der Mikrobiologie. 6: 486. doi:10.3389/fmicb.2015.00486. PMC4440916 . PMID26052316.
    164. ^
    165. Li LL, McCorkle SR, Monchy S, Taghavi S, van der Lelie D (Mai 2009). „Bioprospecting Metagenome: Glykosylhydrolasen zur Umwandlung von Biomasse“. Biotechnologie für Biokraftstoffe. 2: 10. doi:10.1186/1754-6834-2-10. PMC2694162 . PMID19450243.
    166. ^
    167. S. Jaenicke, C. Ander, T. Bekel, R. Bisdorf, M. Dröge, KH Gartemann et al. (Januar 2011). Aziz RK (Hrsg.). „Vergleichende und gemeinsame Analyse von zwei metagenomischen Datensätzen aus einem Biogas-Fermenter, die durch 454-Pyrosequenzierung erhalten wurden“. PLUS EINS. 6 (1): e14519. Bibcode:2011PLoSO. 614519J. doi:10.1371/journal.pone.0014519. PMC3027613 . PMID21297863.
    168. ^
    169. Suen G, Scott JJ, Aylward FO, Adams SM, Tringe SG, Pinto-Tomás AA, et al. (September 2010). Sonnenburg J (Hrsg.). „Ein Insekten-Herbivoren-Mikrobiom mit hoher Kapazität zum Abbau von Pflanzenbiomasse“. PLOS Genetik. 6 (9): e1001129. doi:10.1371/journal.pgen.1001129. PMC2944797 . PMID20885794.
    170. ^
    171. Simon C, Daniel R (November 2009). „Errungenschaften und neues Wissen entwirrt durch metagenomische Ansätze“. Angewandte Mikrobiologie und Biotechnologie. 85 (2): 265–76. doi:10.1007/s00253-009-2233-z. PMC2773367 . PMID19760178.
    172. ^
    173. Wong D (2010). „Anwendungen der Metagenomik für industrielle Bioprodukte“. Metagenomik: Theorie, Methoden und Anwendungen. Caister Academic Press. ISBN978-1-904455-54-7 .
    174. ^ einB
    175. Schloss PD, Handelsmann J (Juni 2003). "Biotechnologische Perspektiven aus der Metagenomik" (PDF) . Aktuelle Meinung in der Biotechnologie. 14 (3): 303–10. doi:10.1016/S0958-1669(03)00067-3. PMID12849784. Archiviert vom Original (PDF) am 4. März 2016 . Abgerufen am 20. Januar 2012 .
    176. ^ einBC
    177. Kakirde KS, Petersilie LC, Liles MR (November 2010).„Size Does Matter: Application-driven Approaches for Soil Metagenomics“. Bodenbiologie und Biochemie. 42 (11): 1911–1923. doi:10.1016/j.soilbio.2010.07.021. PMC2976544 . PMID21076656.
    178. ^
    179. Parachin NS, Gorwa-Grauslund MF (Mai 2011). „Isolierung von Xylose-Isomerasen durch sequenz- und funktionsbasiertes Screening aus einer metagenomischen Bodenbibliothek“. Biotechnologie für Biokraftstoffe. 4 (1): 9. doi:10.1186/1754-6834-4-9. PMC3113934 . PMID21545702.
    180. ^
    181. Hover BM, Kim SH, Katz M, Charlop-Powers Z, Owen JG, Ternei MA, et al. (April 2018). „Kulturunabhängige Entdeckung der Malacidine als kalziumabhängige Antibiotika mit Aktivität gegen multiresistente grampositive Erreger“. Naturmikrobiologie. 3 (4): 415–422. doi:10.1038/s41564-018-0110-1. PMC5874163 . PMID29434326.
    182. ^
    183. Raes J, Letunic I, Yamada T, Jensen LJ, Bork P (März 2011). „Auf dem Weg zu einer auf molekularen Merkmalen basierenden Ökologie durch die Integration biogeochemischer, geografischer und metagenomischer Daten“. Molekulare Systembiologie. 7: 473. doi:10.1038/msb.2011.6. PMC3094067 . PMID21407210.
    184. ^
    185. Lavery TJ, Roudnew B, Seymour J, Mitchell JG, Jeffries T (2012). Steinke D (Hrsg.). „Hohes Nährstofftransport- und Kreislaufpotenzial im mikrobiellen Metagenom des Kots australischer Seelöwen (Neophoca cinerea) offenbart“. PLUS EINS. 7 (5): e36478. Bibcode:2012PLoSO. 736478L. doi:10.1371/journal.pone.0036478. PMC3350522 . PMID22606263.
    186. ^
    187. "Was schwimmt im Fluss? Suchen Sie einfach nach DNA". NPR.org. 24. Juli 2013 . Abgerufen am 10. Oktober 2014.
    188. ^
    189. Chua, Physilia Y. S. Crampton‐Platt, Alex Lammers, Youri Alsos, Inger G. Boessenkool, Sanne Bohmann, Kristine (25. Mai 2021). „Metagenomics: Ein praktikables Werkzeug zur Rekonstruktion der Ernährung von Pflanzenfressern“. Molekulare Ökologie-Ressourcen: 1755–0998.13425. doi: 10.1111/1755-0998.13425 . PMID33971086.
    190. ^
    191. George I, Stenuit B, Agathos SN (2010). „Anwendung der Metagenomik zur Bioremediation“. In Marco D (Hrsg.). Metagenomik: Theorie, Methoden und Anwendungen. Caister Academic Press. ISBN978-1-904455-54-7 .
    192. ^
    193. Zimmer C (13. Juli 2010). „Wie Mikroben uns verteidigen und definieren“. New York Times . Abgerufen am 29. Dezember 2011 .
    194. ^
    195. Nelson KE und White BA (2010). „Metagenomik und ihre Anwendungen für das Studium des menschlichen Mikrobioms“. Metagenomik: Theorie, Methoden und Anwendungen. Caister Academic Press. ISBN978-1-904455-54-7 .
    196. ^
    197. J. Qin, R. Li, J. Raes, M. Arumugam, KS Burgdorf, C. Manichanh et al. (März 2010). „Ein mikrobieller Genkatalog des menschlichen Darms, der durch metagenomische Sequenzierung erstellt wurde“. Natur. 464 (7285): 59–65. Bibcode:2010Natur.464. 59.. doi:10.1038/natur08821. PMC3779803 . PMID20203603.
    198. ^
    199. Abubucker, Sahar Segata, Nicola Goll, Johannes Schubert, Alyxandria M. Izard, Jacques Cantarel, Brandi L. Rodriguez-Mueller, Beltran Zucker, Jeremy Thiagarajan, Mathangi Henrissat, Bernard White, Owen Kelley, Scott T. Methé, Barbara Schloss, Patrick D. Gevers, Dirk Mitreva, Makedonka Huttenhower, Curtis (2012). "PLOS Computational Biology: Metabolische Rekonstruktion für metagenomische Daten und ihre Anwendung auf das menschliche Mikrobiom". PLOS Computerbiologie. 8 (6): e1002358. Bibcode:2012PLSCB. 8E2358A. doi:10.1371/journal.pcbi.1002358. PMC3374609 . PMID22719234.

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