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Bioinformatik-Tool zum „paarweisen Alignment“ komplementärer Sequenzen?


Ich arbeite derzeit an einer Ribozymbindung und suche nach einem Werkzeug, das im Wesentlichen die Regionen des Komplementaritätsgrads in zwei Sequenzen analysiert, um die Bindungseffizienz zu extrapolieren. Nachdem ich darüber nachgedacht habe, suche ich im Wesentlichen nach dem "Gegenteil" von BLAST, da BLAST nach Regionen von . sucht Ähnlichkeit in Sequenzen im gleich Orientierung, während ich nach Regionen suche von Komplementarität der Reihe nach in der Gegenteil Orientierung.

Gibt es ein solches Werkzeug?

BEARBEITEN 1

Zur Verdeutlichung suche ich nach einem Werkzeug, das die optimalsten Komplementaritätsregionen in zwei Sequenzen erkennen kann, wenn beide als solche ausgerichtet sind:

5' TCGAAUAACTCGTCUGAUGAGUCGCUGAAAUGCGACGAAACCGTTAACGGA 3'

3' GTTTACGCAAAGCAGCGTAAAGTCGCTGAGTAGTCACTTTAATGAC 5'


Ich bin mir nicht sicher, ob dies das ist, was Sie brauchen, da die von Ihnen geposteten Sequenzen, soweit ich das beurteilen kann, nicht wirklich komplementär sind. Jedoch, entlasten ist eines der mächtigsten Tools auf dem Markt und kann dies auch. Verwenden Sie diese Sequenzen als Beispiele:

>abfrage TAGCTTATTGATGGGAGGAGAGTCCGTGCACATGACAGACCTTGGCTGTCCCAGACTGCAGGAAGCCCAGG
>Ziel CCTGGGCTTCCTGCAGTCTGGGACAGCCAAGTCTGTTATGTGCACGTACTCTCCTCCCCTCAATAAGCTA

Und dieser Befehl (sollte auf einem *nix-System ausgeführt werden):

entlasten -m codierung2codierung -q qq.fa -t test.fa -s 0

Ich bekomme diese Ausgabe:

C4 Ausrichtung: ------------ Abfrage: Abfrage [revcomp] Ziel: Ziel Modell: genom2genome Rohwert: 312 Abfragebereich: 71 -> 0 Zielbereich: 0 -> 70 71 : CCA : 6 CCTGGGCTTCCTGCAGTCTGGGACAGCCAAGGTCTGTCATGTGCACGGACTCTCCTCProTCAATA |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||+|||||| CCTGGGCTTCCTGCAGTCTGGGACAGCCAA-GTCTGTTATGTGCACGTACTCTCCTCProTCAATA 1 : CCC : 65 5 : AGCTA : 1 ||||| 66 : AGCTA : 70 vulgär: Abfrage 71 0 - Ziel 0 70 + 312 M 30 30 G 1 0 M 26 26 C 3 3 M 11 11 C4 Ausrichtung: ------------ Abfrage: Ziel abfragen : target [revcomp] Modell: genom2genome Rohwert: 309 Abfragebereich: 0 -> 71 Zielbereich: 70 -> 0 1 : GTC : 66 TAGCTTATTGATGGGAGGAGAValCGTGCACATGACAGACCTTGGCTGTCCCAGACTGCAGGAAGC ||||||||||| |||||||||||+|||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| TAGCTTATTGAGGGGAGGAGAValCGTGCACATAACAGA-CTTGGCTGTCCCAGACTGCAGGAAGC 70 : GTA : 6 67 : CCAGG : 71 ||||| 5 : CCAGG : 1 vulgär: Abfrage 0 71 + Ziel 70 0 - 309 M 21 21 C 3 3 M 15 15 G 1 0 M 31 31

Im Grunde gibt es Ihnen zwei Ausrichtungen, eine liest das Ziel 3->5 und die Abfrage 5->3 und eine umgekehrt.

Alternativ können Sie eine übersetzte Blast-Suche, tBLASTx, durchführen, die sowohl die Ziel- als auch die Abfragesequenz übersetzt und so komplementäre Regionen finden sollte.


Sie könnten versuchen, die Bindungsaffinitäten der beiden Sequenzen mit einem Werkzeug abzuschätzen, z. B. OligoCalc

http://www.basic.northwestern.edu/biotools/OligoCalc.html


Lauf einfach nur mit demPlus minusAusrichtungen. Siehe diesen Beitrag in Biostar; es ist ähnlich zu dem, was Sie interessiert. Dies ist für die Standalone-Version. Ich bin mir nicht sicher, wie das bei der Online-Explosion geht. Wenn Sie nur zwei Sequenzen haben, können Sie UNAfold verwenden, um die Komplementarität zu überprüfen.


Schau das Video: Tools used in bioinformatics (Januar 2022).